Автохтонные микроорганизмы — Справочник химика 21

    Микроорганизмы, участвующие в минерализации гумусовых веществ (автохтонной микрофлоры), обнаруживают на следующих средах. [c.143]

    Выделяют две экологические группы микроорганизмов автохтонную и аллохтонную. Самостоятельная, первоначально существующая микрофлора, для которой вода является естественной средой питания, называется автохтонной. Состав ее отличается стабильностью и является характерным для каждого водоема. Микроорганизмы, поступающие в воду извне, например со сточными водами, образуют аллохтонную микрофлору. Эти микроорганизмы в водоеме попадают в неблагоприятные условия, которые состоят в отсутствии или недостатке питательных веществ, изменении температуры, pH, солевого состава, окислительно-восстановительного потенциала и др. Поэтому микроорганизмы аллохтонной микрофлоры спустя некоторое время после попадания в водоем отмирают. Среди микроорганизмов аллохтонной микрофлоры могут быть и патогенные формы.

Между микроорганизмами автохтонной и аллохтонной группы возникают антагонистические отношения, что ускоряет отмирание несвойственных чистому водоему микроорганизмов. Характерным является создание в водоеме новой автохтонной микрофлоры, если загрязнение определенными соединениями, например нефтью, фенолами, наблюдается постоянно в течение длительного промежутка времени. Подобная же смена биоценозов наблюдается и при длительном поступлении сточных вод, содержащих тяжелые металлы. [c.230]

    Обитатели экосистемы. Согласно концепции, выдвинутой Виноградским в 1925 г., микроорганизмы, встречающиеся в экосистеме, можно подразделить на две категории-автохтонные и аллохтонные. Автохтонные микроорганизмы являются типичными обитателями данной экосистемы (например, почвы, кишечника) и присутствуют там всегда. Их неизменно можно найти, скажем, в почве независимо от того, вносятся туда извне определенные питательные вещества или нет.

Наличие таких видов обусловлено более или менее постоянным присутствием питательных веществ, характерных для данной экосистемы. Под алло-хтониыми (или зимогенными) микроорганизмами понимаю такие, наличие которых зависит от случайного повышения концентрации питательных веществ или от добавления определенных веществ. Такие виды в известной мере чужды данной экосистеме, присутствуют в ней временно или пребывают в состоянии покоя.  [c.503]

    Автохтонная микрофлора аборигенная), обитающая в экосистеме. Автохтонные микроорганизмы эволюционируют в данном местообитании, развивается медленно и используют вещества почвенного гумуса. В анабиотическое состояние они не переходят и находятся в состоянии бдительного ожидания . [c.154]

    Довольно противоречивы сведения о реакции отдельных экологотрофических группировок микроорганизмов на сельскохозяйственное захрязнение. Минеральные удобрения в умеренных дозах активизируют жизнедеятельность аэробных и анаэробных азотфиксаторов, денитри-фикаторов, аммонификаторов, целлюлозоразрушающих бактерий, актиномицетов, фибов, микроорганизмов автохтонной фуппировки.

В то же время в длительно удобряемых дерново-подзолистых почвах внесение азотных удобрений отдельно и совместно с калийными привело к уменьшению числа азотфиксирующих, аммонифицирующих и целлюлозоразлагающих микроорганизмов. Напротив, внесение фосфорных и калийных удобрений, а также известкование влияет на повышение численности этих микроорганизмов.  [c.165]

    На нитритном агаре, приготовленном по методу Виноградского, лучше выявляются представители автохтонной микрофлоры, так как нитрит ингибирует рост бациллярных форм, подавляющих микроорганизмы автохтонной группы. Нитритный агар готовят следующим образом к среде для второй фазы нитрификации (см. 8.2.2) добавляют 20 г/л хорошо вымоченного в дистиллированной воде агар-агара и стерилизуют при 0,5 атм 30 мин. [c.102]

    Ландшафты подразделяются на автономные, как, например, верховое болото, и подчиненные, как предгорные равнины (педи-плен). Они различаются по степени притока аллохтонного вещества и автохтонного внутреннего цикла.

Тогда первая задача для микробиолога при решении задач экологии микроорганизмов в конкретной ландшафтной обстановке состоит в том, чтобы определить направления движения вещества. Обычно для этого используются стоковые серии ландшафтов, или катены, определяющие горизонтальный перенос веществ. [c.21]

    Автохтонные микроорганизмы наиболее интенсивно развиваются в водоемах эвтрофного типа, где доминируют сапрофитные бактерии. При достаточном количестве неорганических соединений, которые могут участвовать в биогенных реакциях окисления, в воде развиваются хемоавтотроф-ные бактерии. 

[c.109]

    Удобрение АМБ-комплексный препарат т. наз. автохтонной микрофлоры Б, включающей большое кол-во разл. микроорганизмов, к-рые играют важную роль в корневом питании растений. Его применяют для создания грунта в теплицах и парниках при выращивании овошных культур и рассады. Для получения этого удобрения в кислый торф вносят известковый материал, минер, добавки, содержащие Р и К, и маточную культуру бактерий АМБ (1-2 кг/т). В приготовленной массе грунта после тщательного его перемешивания при 18-30°С активно происходит микробиологическая минерализация перегноя, в результате чего нек-рая часть труднодоступных для растений питательных веществ превращается в легкоусвояемые соединения. 

[c.238]

    Исследования (Теппер, 1963) показали, что представители автохтонной микрофлоры лучше выявляются на нитритном агаре, приготовленном по методу Виноградского, так как нитрит ингибирует рост бациллярных форм, подавляющих развитие микроорганизмов автохтонной группы. [c.143]

    ВЫЯВЛЕНИЕ МИКРООРГАНИЗМОВ АВТОХТОННОЙ ГРУППЫ, УЧАСТВУЮЩЕЙ В РАЗЛОЖЕНИИ ГУМУСОВЫХ ВЕЩЕСТВ, ПО МЕТОДУ ВИНОГРАДСКОГО В МОДИФИКАЦИИ ТЕППЕР 

[c.166]

    Оптимальное состояние почвы по показателю pH приводит к достижению оптимального для земледелия состояния микробного ценоза, который обычно состоит из бактерий, грибов и актиномицет. В контрольных — кислых почвах — как правило, находятся плесневые грибы. Бактерий при этом мало, и они представлены в основном одноклеточными амебами. Введение клиноптилолита, вызывающего изменение pH почвы, ведет к образованию миколитических бактерий, съедающих плесень. При этом также появляются амебы с размером 50-60 мкм, разрыхляющие почву и способствующие образованию в ней развитой пористой структуры. Формируется автохтонная микрофлора, представленная микроорганизмами, интенсифшщрующими разложение органических соединений. Введение клиноптилолита 

[c.406]

    В то время как чисто минеральная почва бедна микроорганизмами, в по Ье, богатой гумусом, она представлена большим разнообразием видов. Такой комплекс, присутствующий и в неудобренной почве, называют автохтонным в отличие от зимогенного, доминирующего при внесении в почву органических веществ. Таким образом, стабилизирующее действие гумуса на почвенную динамику связано также и с тем, что оно обеспечивает поддержание богатой почвенной микрофлоры. [c.419]

    Гидробионты в водоемах образуют биоценозы, количественный и качественный состав которых обусловлен рядом физических, химических и биологических факторов.

Открытые водоемы отличаются большим разнообразием и непостоянством как химического состава, так и микронаселения воды. Последнее складывается из собственного микронаселения, присущего данному водоему (автохтонного), и микроорганизмов, поступающих в водоем с различными источниками загрязнения и приспособивщихся к условиям существования в данном водоеме. [c.161]

    Разложение гумуса микроорганизмами представляет особый интерес. Для разлагающей гумус микрофлоры было предложено Виноградским название автохтонная. С этой микрофлорой бились довольно много. В общем типичными организмами, развивающимися на гуминовых веществах, оказались артробактеры и нокардии. Это олиготрофные организмы в том смысле, что они растут при крайне низком содержании доступной органики, но совершенно отличны от диссипотрофов. Олиготрофные нокардии медленно разлагают труднодоступное органическое вещество. Диссипотрофы используют легко доступную органику в очень низкой концентрации. 

[c.280]

    Второй источник органического вещества — внутриводоемные процессы -продукты фотосинтеза, автотрофной фиксации СО2 нефотосинтезирующими микроорганизмами, продукты метаболизма живых организмов, а также биологического распада остатков организмов.

Это органическое вещество называется автохтонным. [c.92]

    Оптимальная численность сапротрофных бактерий, выявляемых на МПА, отмечена через 30…60 сут инкубации, а через 120 сут и до конца опыта их численность резко падает. Микроорганизмы, использующие минеральные формы азота, в том числе актиномицеты, выявляемые на КАА, наиболее активно развиваются на З0…90 е сутки разложения соломы. Оптимальное развитие целлюлозоразрушающих бактерий на среде Гетчинсона отмечается через 30 и 90 сут инкубации. Через 120 сут разложения и до конца опыта их численность резко падает. Численность микроорганизмов автохтонной группы, минерализующих лигнин и гумусовые вещества, резко возрастает от 150 сут и до конца опыта. [c.119]

    В опытах по разложению микроорганизмами гумусовых кислот (четыре-пять месяцев инкубации и более) можно обнаружить представителей автохтонной группы — септированные гифы, палочковидные и кокковидные фрагменты нокардий (рис. 32, в неспороносные палочки, [c. 120]

    Воды открытых водоемов разнообразны но химическому составу и микронаселению. Микронаселение складывается из собственного (автохтонного) и микроорганизмов, поступивших в водоем с загрязнениями и приспособившихся к существованию в данном водоеме (аллохтонное население). [c.30]

    Как видно из таблицы 5.17, в воде модельных водоемов , как в контроле, так и в опыте, отмечался первоначальный рост, а затем постепенное снижение концентрации грамотрицательных бактерий, а также аллохтонной и автохтонной микрофлоры. При этом процесс отмирания всех микроорганизмов интенсивнее происходил в присутствии прибора И. Грандера. К 12-й неделе разница в концентрациях микроорганизмов в опыте и контроле составляла один порядок. [c.278]

    Во второй серии исследований в качестве модельных водоемов , имитирующих водоисточники с высоким уровнем бактериального загрязнения, использовали емкости по 10 литров. В контрольную и опытную емкости вносили дехлорированную кипяченую водопроводную воду, которую инфицировали естественной прудовой микрофлорой и музейными штаммами сальмонелл так, чтобы уровень загрязнения по всем показателям составлял от 100 до 1000 КОЕ в 1 мл. Пробы воды отбирали сразу как фоновые (исходные), а в дальнейшем — через 1-2 суток, 1-2,4,6,8,10,12 и 16 недель. Каждую пробу воды (контрольную и опытную) исследовали на наличие сальмонелл, общих колиформных бактерий (ОКБ), термотолерантных колиформных бактерий (ТКБ) — показателей свежего фекального загрязнения и грамотрнщательшых бактерий. Дополнительно исследовались также пин-пойнтс , аллохтонная микрофлора, в основном, привнесенные извне, — аэробные, факультативно-анаэробные микроорганизмы, образующие на питательном агаре колонии при температуре 37,5° С, и автохтонная, в основном, водная микрофлора — аэробные и факультативно-анаэробные микроорганизмы, образующие на питательном агаре колонии при температуре 20° С. [c.279]

    Информационная вода оказывала менее существенное влияние и на сапрофитную микрофлору, которая активно участвует в процессах самоочищения водоемов. Так, содержание аэробных и факультативноаэробных бактерий, растущих при температуре 37° С (в основном аллохтонная микрофлора), после подъема на два логарифма в течение 1-2 суток (таблица 5. 18) снижалось в опыте более интенсивно, чем в контроле. Для микроорганизмов, растущих при температуре 20° С (преимущественно автохтонная микрофлора), в опыте размножение их в первые сутки было в меньшей степени, чем в контроле. Еще более выраженной эта разница была в отношении грамотрицательной микрофлоры, растущей на среде Эндо (рисунки 5.33-5.35). Кроме того, в опытных водоемах, как правило, не отмечалось споровых микроорганизмов, в то время как в контроле споры выделялись в количестве 10 -10 колоний в мл. [c.280]

    Тип и характеризуется высоким начальным атомным отношением Н/С, низким значением отношения О/С и имеет в своем составе больше нафтеновых и ароматических циклических структур. Кероген типа 11 характерен для морских осадков, содержащих автохтонное аморфное сапропелевое ОВ, называемое коллоальгинитом. Кероген этого типа содержит значительное количество серы и является производным смеси остатков фитопланктона, зоопланктона и микроорганизмов (бактерий), накапливающихся в восстановительной обстановке. Этот тип также включает липоидные компоненты высшей растительности пыльцу, споры, смолы, воски, парафины, кутинит, входящие в группу лейптинита. В этом случае в ископаемом состоянии формируются гумусовые липтобио-литовые угли или гумусово — сапропелевые разности углей типа кеннелей. Кероген такого типа является наиболее распространенным и свойственен большинству нефтематеринских пород и горючих сланцев. Нефтематеринский потенциал его ниже, чем у керогена 1, однако еще очень значителен. [c.70]

---

Анализ почвенной микрофлоры в агроценозах Центральной зоны Краснодарского края

Л.Коростелева, доцент кафедры микробиологии и вирусологии КубГАУ, к.б.н.,
В.Горьковенко, доцент кафедры защиты растений КубГАУ, к.б.н.,
В.А.Ярошенко, директор ФГУ «Краснодарский биоцентр»

Почва представляет собой гетерогенную систему со множеством микро- и мезосред обитания с различными условиями. Без микроорганизмов существование почвы невозможно. Микроорганизмы, участвующие в почвообразовании и поддержании почвенного плодородия, — необходимое звено в круговороте всех биогенных элементов. Состав микрофлоры почвы разнообразен: гетеротрофы и автотрофы, аэробы и анайробы, олиготрофы и кониотрофы, гидролитики и негидролитики, термофилы и психрофилы, ацидофилы и алкофилы, микробы-антагонисты и паразитические микроорганизмы. В здоровой почве в 25-сантиметровом слое, взятом с площади 1 га, масса микроорганизмов может составить 3 тонны (численность клеток 5×10⁹КОЕ/г почвы).

Хозяйственная деятельность человека давно превысила пределы устойчивости почвы. При возделывании монокультур можно быстро добиться интенсификации микробиологических почвенных процессов, однако при этом так же быстро разрушаются и далее не восполняются органические вещества, таким образом возникает тенденция к увеличению заболеваемости растений.

В Краснодарском крае в последние два десятилетия возникли новые проблемы в фитосанитарной обстановке сельскохозяйственных культур. Они связаны с возрастанием вредоносности известных болезней, а также появлением новых, ранее не регистрировавшихся. На зерновых, занимающих более 50% посевных площадей, высока вредоносность возбудителей корневых гнилей. Наиболее распространенными из них в последние годы являются такие возбудители, как: Bipolaris sorokoniana (Sacc.) Shoem, Gibellina cerialis Pass., Ophiobolus graminis (Sacc.) Sacc., Pseudocercosporella herpotrichoides (Fron) Deighton, Rhizoctonia cerealis E. P. Hoeven., Rh.solani Kuehn., Wojnowicia graminis (McApl) Sacc. et. D. Sacc., различные виды фузариев: F.avenaceum (Fr.) Sacc., F.Culmorum (Sm.) Sacc., F.gibbosum Appel. et Wr., F. graminiarum Schwabe., F.heterosporium Nees., F.moniliforme Sheld., F.nivale (Fr.) Ces., F.oxysporum Schlecht. F. poae (Pk.) Wr., F. sambucinum Fuckel, F. semitectum Berk. Et Rav., F. solani (Mart) App. et Wr. F. sporotrichiella Bilai, F. sporotrichiella var. poae (Peck.) Bilai. Попадая после уборки в почву, пораженные растительные остатки для подавляющего большинства возбудителей корневых гнилей являются основными источниками локализации.

Особо следует отметить возрастающую вредоносность такого вида, как Fusarium nivale, — возбудителя снежной плесени, фузариоза колоса, прикорневой гнили, фузариозного ожога листьев озимой пшеницы. Патоген, не имея узкой специализации, способен поражать и такие сельскохозяйственные культуры, как озимый ячмень, сахарная свекла, кукуруза, подсолнечник. В сапротрофной стадии гриб F.nivale активно развивается и накапливается на растительных остатках сельскохозяйственных культур, возделываемых в севообороте.

Помимо фитопатогенных грибов растительные остатки немедленно становятся объектом заселения автохтонными микроорганизмами, местом обитания которых является почва. Это виды родов Trichoderma Pers. et. Fr., T. viridi Pers., Rifai (Syn. : T.lignorum), отдельные виды родов Penicillium Link. sp. и Aspergillus Micheli spp. Между фитофторными и сапротрофными грибами в почве сразу же возникла трофическая конкуренция. Явление антагонизма со стороны сапротрофной микрофлоры становится более весомым, подавляющим фактором, который позволяет снять плотность почвенной патогенной популяции грибом и тем самым повысить супрессивность почвы.

Большую роль в почвообразующих процессах играют микроорганизмы. Микробиологические ассоциации почвенных разностей составляют базисную основу плодородия почвы.

Нами проводятся микробиологические исследования в хозяйствах Центральной зоны края по выявлению грибной и бактериальной микрофлоры почвы, пожнивных остатков озимых колосовых, подсолнечника, сахарной свеклы и сорняков; проводилась фитоэкспертиза семян озимых колосовых. В процессе работ было предложено обработать почвы грибами-антагонистами рода Trichoderma и в дальнейшем проводить анализ почвенной и эпифитной микрофлоры, используя при этом биологические методы снятия фитопатогенной нагрузки в агроценозе культур.

Микробиологическому обследованию было подвергнуто 34 образца почвы, отобранных из пахотного горизонта с 34 участков (30 полей хозяйства). Для выявления и количественного учета эколого-трофических групп микроорганизмов, включая агрономически ценные формы (азотфиксаторы, целлюлозоразрушающие, аммонификаторы, антагонисты фитопатогенов и др.), проводился посев на плотные питательные среды: МПА (аммонификаторы), почвенный агар, ПА (аборигенная или автохтонная микрофлора, трансформирующая соединения гумуса), овсяной агар, ОА (мицелиальные формы актиномицетов), агар Эшби (азотфиксирующая микрофлора), агар Гетчинсона (целлюлозоразрушающая).

Следует отметить, что доверительный интервал для численности микроорганизмов на МПА и ПА не превышал 5%, а для актиномицетов — 10%. Таким образом, колебания обилия популяций аммонификаторов и автохтонной микрофлоры в почве изученных участков не столь значительны, что свидетельствует о высокой буферности черноземов — способности поддерживать жизнедеятельность большого числа популяций микроорганизмов. Вместе с тем соотношение этих групп (ПА, МПА) различается по образцам почв, достигая максимальных значений на полях, на которых в качестве предшественника использовался подсолнечник либо в севообороте участвуют бобовые культуры. Повышение обилия конкурентоспособных популяций, так называемых К-стратегов, в почве этих участков, безусловно, вызвано разными причинами, в том числе спецификой растительных остатков предшественника, например подсолнечника, и влиянием вегетирующей культуры, такой как люцерна или горох. Поскольку в почве под бобовыми культурами обнаружено повышенное содержание мицелиальных форм актиномицетов, которые, согласно литературным данным, участвуют в последних стадиях минерализации органики, можно предположить их участие в оструктуривании почвы этих полей (pp.Streptomyces, Streptoverticillium, Nocardia и др.). В разрушении растительных остатков подсолнечника, возможно, первостепенная роль принадлежит другим формам бактерий и грибам. Выделенные формы бацилл и стрептомицетов проявляли антагонистические свойства по отношению к бесспоровым бактериям и грибам. В связи с этим они представляют интерес для дальнейшего изучения в качестве антагонистов фитопатогенных микроорганизмов.

Среди аммонифицирующей микрофлоры большую роль играют грамотрицательные бесспоровые бактерии и бациллы. В почве после посевов люцерны, а также других культур, выращиваемых после бобовых предшественников, в значительном количестве среди аммонификаторов представлены псевдо- и ксантомонады, цитофаги, реже встречаются характерные для черноземов артробактерии.

Изучение уровня азотфиксации и разрушения клетчатки по степени обрастания комочков почвы на агаре Эшби и Гетчинсона соответственно показало высокую активность большинства образцов почвы. Исключение составляют образцы почвы, где снижение уровня азотфиксации коррелировало со снижением целлюлозолитической активности, т.е. на этих участках можно ожидать нарушения синтрофии (совместного освоения субстрата) между азотфиксаторами и разрушителями клетчатки в почве (грибами и бактериями). Поскольку и те и другие нуждаются в ряде общих факторов роста, включая макро- и микроэлементы (S, Mo, Fe, Ca и др. ), следует обратить внимание на малую обеспеченность почвы указанных полей этими элементами.

Несмотря на то что в опыте не проводили учета анаэробных азотфиксаторов, следует отметить, что при исследовании ряда образцов почвы на поздних стадиях культивирования обнаружены трещины в агаре Эшби и характерный для клостридий запах масляной кислоты.

Изучение характера роста целлюлозолитических микроорганизмов свидетельствует о том, что существуют различия в таксономическом составе микрофлоры. Так, в посевах зерновых культур на начальных стадиях разрушения клетчатки доминировали бактерии (pp.Cytophaga, Myxococcus), а позже появлялись колонии плесневых грибов (pp. Mucor, Aspergillus и др.), а в посевах люцерны и гороха параллельно с бактериями развивались колонии стрептомицетов.

Оценка уровня биоразнообразия микробного населения почв как показателя экологической стабильности агроценоза требует дополнительных мониторинговых исследований. Тем не менее на основании культуральных и морфологических характеристик выделенных популяций бактерий можно предварительно говорить о большом таксономическом разнообразии микрофлоры образцов почвы.

В результате проведенного микологического анализа образцов почвы, отобранных в посевах озимой пшеницы в Центральной зоне, установлено, что доминирующими в комплексе выделенных почвенных грибов являются виды родов Fusarium spp. (таблица).

Высокая зараженность почвы грибами рода Fusarium spp. свидетельствует о биологической гибкости видов этого рода, позволяющей им вести как сапротрофный, так и патогенный образ жизни, поражая практически все сельскохозяйственные культуры, возделываемые в севообороте. Химическая защита также не позволяет решить проблему с фузариозной инфекцией.

Из анализируемых образцов почвы не удалось выделить других возбудителей корневых гнилей озимой пшеницы, что, по всей вероятности, связано с фазой вегетации самого растения-хозяина. В период созревания озимой пшеницы большинство патогенных видов грибов сосредоточено непосредственно на пораженных органах растения, и только после уборки они вместе с растительными остатками попадут в почву.

Инфекционный потенциал почвы в значительной степени снижают автохтонные микроорганизмы, обладающие высокой антагонистической активностью. Их участие в трансформации растительных остатков в почве, обусловленное высокой конкурентной способностью, способствует снижению или полному подавлению инфекционного начала возбудителей болезней. В анализируемых образцах не выделены виды рода Trichoderma Pers. et Fr.

В отдельных образцах почвы отмечена высокая плотность популяции грибов рода Penicilliums spp. В сочетании с грибами рода Trichoderma они свидетельствуют о высокой супрессивности почвы, а в настоящем анализе — о ее полном отсутствии.

Таким образом, проведенные микологические исследования показали, что независимо от предшествующей культуры почвы в посевах озимой пшеницы в сильной степени инфицированы видами фузариозной инфекции. Выделение грибов рода Penicilliums spp. при полном отсутствии видов рода Trichoderma свидетельствует о низкой супрессивности почвы.

№ поля	Площадь поля, га	Выделены виды родов			Примечание
		Fusarium spp.	Chephalosporium sp.	Penicillium spp.
1	74	+++	+	+
2	93	++	++	+
3	74	+++	+	+
4	72	+++	+	+
5	70	++	+	++
6	77	+++	+	+	Почва очень уплотненная
7	74	+++	+	+
8	107	++	+	++	Почва плохая по структуре
9	62	++	+	+
10	48	+++	+	+
11	92	++	+	+
12	60	+++	+	+	Более 90% грибов представлены родом Fusarium
13	80	+++	+	+
14	97	++	+	+	Почва структурная
15	40	++	+	++
16	32	+++	+	+
17	101	+++	+	+
18	132	+++	+	+
19	86	++	+	++
20	103	++	+	++
21	99	+++	+	+
22	90	+++	+	+
23	84	++	+	++
24	93	++	+	++
25	98	++	+	+	Почва структурная хорошая
26	37	++	+	++
27	94	++	+	++
28	71	++	+	++
29	101	+++	+	+
30	100	+++	+	+
31	84	++	+	++
32	53	++	+	++
33	97	+++	+	+
34	47	+++	+	+	Почва структурная

Примечание:
+ — плотность популяции от 1 до 25%;
++ — плотность популяции от 26 до 50%;
+++ — плотность популяции более 50%.

«Защита растений» №8, 2006 год

Идентификация штаммов автохтонной микрофлоры – основы биопрепаратов лечебно-профилактического действия | шуваева

Neef A., Sanz Y./Curr. Opin. Clin. Nutr. Metab. Care. 2013.V. 16. P. 679-687.

Su H., McKelvey J., Rollins D., Zhang M., Brightsmith D. J., Derr J., Zhang S. /PLoS ONE. 2014. V.9. N 6. P. e99826.

Bermudez-Brito M., Plaza-Dнaz J., Muсoz-Quezada S.,Gуmez-Llorente C., Gil A. /Ann. Nutr. Metab. 2012. V. 61. P. 160–174.

Stanley D., Hughes R. J., Moore R. J. /Appl Microbiol Biotechnol. 2014. V. 98. P. 4301–4310.

Han W., Zhang X. L., Wang D. W., Li L. Y., Liu G. L., Li A. K., Zhao Y. X. /J. Anim. Sci. 2013. V. 91. P. 4374–4382.

Oakley B. B., Lillehoj H. S., Kogut M. H., Kim W. K., Maurer J. J., Pedroso A., Lee M.D., Collett S. R., Johnson T. J., Cox N. A. /FEMS Microbiol. Lett. 2014. V. 360. P. 100–112.

Маниатис Т., Фрич Э., Сэмбрук Дж. Методы генетической инженерии. Молекулярное клонирование /М.: Изд. Мир. 1984. 479 С.

Lunedo R., Fernandez-Alarcon M. F., Carvalho F. M. S., Furlan L. R., Macari M. // British Poultry Science. 2014. V. 55. № 6. P. 795–803.

Han W., Zhang X. L., Wang D. W., Li L. Y., Liu G. L., Li A. K., Zhao Y. X. / J. Anim. Sci. 2013. V. 91. P. 4374–4382.

Lane D. // 16S/23S sequencing. Nucleic Acid Techniques in Bacterial Systematics / Ed. Stackebrandt E., Goodfellow M. Chichester.: John Wiley & Sons, Ltd., 1991. P. 115–175.

Svec P., Pantucek R., Petras P., Sedlacek I., Novakova D. //Systematic. Appl. Microbiology. 2010. V. 33. P. 451–456.

Dorneles E.M.S., Santana J.A., Ribeiro D., Dorella F.A., Guimaraes A.S., Moawad M.S., Selim S.A., Garaldi A.L.M., Miyoshi A., Ribeiro M.G., Gouveia A.M.G., Azevedo V., Heinemann M.B.,Lage A.P./PLoS ONE. 2014. V. 9. N 6. e98758.

Guindon S.1., Delsuc F., Dufayard J.F., Gascuel O./ Methods Mol Biol. 2009.V.537. P.113-37.

Ребриков Д.В., Саматов Г.А., Трофимов Д.Ю., Семенов П.А., Савилова А.М., Кофиади И.А., Абрамов Д.Д.//ПЦР в реальном времени. Из-во БИНОМ.2009. 215с.

Messaoudi S., Manai M., Kergourlay G., Pr?vost H., Connil N., Chobert J.M., Dousset X. /Food Microbiol. 2013. V. 36. N 2. P. 296-304.

Lee C.M., Sieo C.C., Cheah Y.K., Abdullah N., Ho Y.W. //J. Sci. Food. Agric. 2012. V. 92. N 3. P. 660-666.

Ramirez-Castrill?n M., Mendes S.D., Inostroza-Ponta M., Valente P. //PLoS ONE. 2014. V. 29. № 9(8). P. e105870.

Bottacini F., Ventura M., Sinderen D., Motherway M. /Microb. Cell. Factories. 2014. Suppl. 1. S4.

Kharchenko N.V., Cherdyntseva T.A., Netrusov A.I./ Mikrobiologiia. 2015. V. 84. N 3. P. 352–359.

Lu J., Santo Domingo J.W., Hill S., Edge T.A. / Appl. Environ. Microbiol. 2009. V. 75. N 18. P. 5919-5926.

Scupham A.J., Patton T.G., Bent E., Bayles D.O. /Microb. Ecol. 2008. V. 56. N 2. P. 322-331.

Khochamit N., Siripornadulsil S., Sukon P., Siripornadulsil W. /Microbiol. Res. 2015. V. 170. P. 36–50.

Bagherzadeh Kasmani F., Karimi Torshizi M. A., Allameh A., Shariatmadari F. / Poult. Sci. 2012. V. 91. N 8. P. 1846-53.

Shivaramaiah S., Pumford N. R., Morgan M. J., Wolfenden R. E., Wolfenden A. D., Torres-Rodriguez A., Hargis B. M., Tellez. G. /Poult. Sci. 2011. V. 90. P. 1574–1580.

Микрофлора питьевой воды описание и определения| Лаборатория МГУ

Термин «микрофлора воды» описывает всю совокупность микробов, находящихся в воде в определённых связях друг с другом. Если филолог решит проследить этимологию термина, то он будет несколько обескуражен, поскольку «микро» в переводе с греческого означает «маленький», а «флора» с латинского — «растение» в честь богини цветения Флоры (Древний Рим).

Термин «микрофлора» вошёл в обиход благодаря ботаникам, которые описали и зарисовали первые одноклеточные микроорганизмы, используя только что изобретённые микроскопы. У многих представителей они обнаружили зелёные пигменты, как и у растений, и потому решили, что это были маленькие растения. Однако с развитием науки и систематики выяснилось, что большинство представителей микрофлоры имеют такое же далёкое отношение к флоре, как и человек — к бактериям. В современном научном мире чаще используется термин «микробиом», означающий совокупность всех микроорганизмов.

Что же такое микроорганизмы?

Микробы или микроорганизмы — это собирательный термин, который включает в себя совершенно различные группы организмов размером менее 0.1 мм (рис. 1).

Рисунок 1 — Представители микрофлоры воды

Указанные группы могут попадать в питьевую воду и тем или иным образом ухудшать её качество. В воде также могут находиться яйца гельминтов, и, хотя по размеру эти жизненные формы можно отнести к микроорганизмам, научное сообщество не включает их в данное понятие.

Устойчивость микрофлоры в окружающей среде

Особенностью микроорганизмов является их высокая устойчивость в окружающей среде. Это связано с появлением и совершенствованием адаптаций к факторам среды (температуре, влажности, содержанию токсичных солей и элементов, pH среды) на протяжении 2,4 млрд лет эволюции. «Все есть везде» — девиз современной микробиологии, и это действительно так: микроорганизмы обнаруживаются в гидротермальных источниках на дне океанов («черные курильщики») и в атмосфере, под слоями тысячелетней мерзлоты (подземные озера Антарктиды) и в жерлах вулканов. Вот некоторые границы устойчивости микроорганизмов в окружающей среде в сравнении с человеком (табл. 1).

Таблица 1 — Границы устойчивости микроорганизмов и человека к некоторым факторам окружающей среды в сравнении с человеком

	Температура, oС	Соленость воды, г/л	Давление, Па	Доза излучения, Гр
Микро-организмы	От —10 (Psychrobacter spp. ) до 122 oС (Methanopyrus kandleri)	0-200	от 10-5 (Deinococcus radiodurans) до 5∙105 (Halomonas salaria)	10 000
Человек	15—45 oС	0.05—1	от 0.3∙105 до 2∙105	5

Если кто-то спросит Вас: «Есть ли жизнь на Марсе?», можете с уверенностью говорить: «Да». В 1976 году для исследования Марса США запустили космический аппарат «Викинг». О стерилизации его основных узлов никто не думал, так как полагали, что ни один живой организм не вынесет столь суровые условия. Однако современные расчёты показывают, что микроорганизмы не только способны не умирать, но и при благоприятных условиях возвращаются к жизни. Таким образом, сейчас на Марсе где-нибудь в районе равнины Хриса есть готовые возродиться споры бактерий.

К счастью, большинство высокопатогенных и опасных для человека микроорганизмов не устойчивы в окружающей среде, но сам факт наличия у «близких родственников» опасных микроорганизмов чрезвычайной устойчивости должен настораживать человечество.

Питьевая вода

Питьевая вода — это безопасная для человека вода, которую можно потреблять в неограниченных количествах. В Российской Федерации качество питьевой воды регулируется СанПиН 2.1.4.1074-01 (центральное водоснабжение) и СанПиН 2.1.4.1116-02 (фасованная вода).В этих нормативных документах подробно описаны требования к микробиологическим показателям качества воды, однако ввиду того, что человек употребляет воду из различных источников, не прошедших водоподготовку (в том числе обеззараживание), например, колодцев, ручьёв и родников, опишем представителей микрофлоры, с которыми мы сталкиваемся.

Патогенные микроорганизмы (опасная микрофлора воды)

Начнём с того, чего ни в коем случае не должно быть в питьевой воде, но, к сожалению, регулярно там обнаруживается. Патогенные микроорганизмы могут вызвать серьёзные, вплоть до летальных случаев, заболевания человека. Носителями могут быть как животные, так и человек, вода же является лишь средой, с которой возбудитель попадает в организм. В табл. 2 представлены микроорганизмы, заражение которыми возможно через питьевую воду.

Таблица 2 — Патогенные микроорганизмы, заражение которыми может произойти через водный источник

Микроорганизм-возбудитель	Представитель микрофлоры	Болезнь, вызываемая возбудителем
Salmonella typhi	бактерия	брюшной тиф
Vibrio cholerae	бактерия	холера
Escherichia coli	бактерия	колиэнтериты
Leptospira spp.	бактерия	лептоспироз
Burkholderia pseudomallei	бактерия	мелиоидоз
Vibrio spp. (Vibrio parahaemolyticus)	бактерия	заболевания, вызванные парагемолитическими вибрионами (НАГ-вибрионы)
Legionella pneumophila	бактерия	легионеллез
Clostridium spp. (Clostridium botulinum)	бактерия	клостридиозы (ботулизм)
Salmonella spp.	бактерия	сальмонеллезы, паратифы А и Б
Shigella dysenteriae	бактерия	дизентерия
Shigella spp.	бактерия	шигеллез
Francisella tularensis	бактерия	туляремия
Hepatitis А	вирус	болезнь Боткина
Enterovirus C	вирус	полиомиелит
Enterovirus А, В	вирус	болезнь, вызванная вирусом Коксаки
Entamoeba histolytica	протист	амебная дизентерия
Naegleria fowleri	протист	первичный амёбный менингоэнцефалит
Acanthamoeba, Balamuthia mandrillaris	протист	энцефалит гранулематозный амёбный
Giardia intestinali	протист	лямблиоз
Cryptosporidium spp.	протист	криптоспоридоз

Жирным выделены микроорганизмы, для которых естественным местом обитания являются абиотические (неживые) объекты окружающей среды.

Приведённая в таблице микрофлора не характерна для водоёмов, её также можно назвать аллохтонной (от гр. «аллос» — другой). По современным представлениям санитарной микробиологии эти микроорганизмы не размножаются в окружающей среде, в том числе и в воде, и со временем их содержание снижается. Это связано с тем, что перечисленные микроорганизмы требовательны к температуре, питанию, содержанию ростовых веществ. Кроме того, собственная микрофлора водоёма подавляет рост патогенных микроорганизмов.

Перечисленные микроорганизмы могут обнаружиться в природных водах: в поверхностных водах, в колодцах, реже — в родниках, практически никогда — в воде скважин. Патогенная микрофлора не обнаруживается в воде централизованного водоснабжения и бутилированной воде при соблюдении технических норм и правил.

По наблюдению эпидемиологов патогенные микроорганизмы обнаруживаются в стоках больниц, а также в местах массового распространения заболеваний, возбудителями которых являются эти микроорганизмы. Патогенные агенты попадают в источники питьевой воды вместе с почвенным стоком по сети почвенных трещин и капилляров.

Сопорозные микроорганизмы (микроорганизмы, способные накапливаться в воде)

Среди патогенной микрофлоры выделяют особую группу организмов, которые могут не только сохраняться в природных источниках, но и активно размножаться там — сапронозы или сапронозные инфекции. Для них окружающая среда, и, в частности, вода, является естественным источником обитания. Среди бактерий это НАГ-вибрионы, лигионеллы, буркхальдерии и клостридии, среди протистов — Неглерия Фоулера и представители Acanthamoeba, Balamuthia mandrillaris. Но даже от них можно уберечься, выполняя минимальные меры предосторожности. Так отмечено, что в летнее время в стоячей воде, богатой органическим веществом, например, болотах, могут накапливаться клостридии. Опасны они тем, что многие виды выделяют в среду сильнейшие природные токсины, такие как ботулотоксин и тетанотоксин.

Важно: учёные фиксировали массовый падёж птиц в Канаде и США, отравившихся ботулотоксином при употреблении природной воды. Ни в коем случае не пейте воду из стоячего водоема (болото, озеро, пруд), особенно в странах с жарким климатом. Даже если Вы проведёте фильтрацию этой воды, ботулотоксин не исчезнет. Кипячения около 30 мин достаточно, чтобы токсин разрушился, но риск все равно будет высоким.

Многие вибрионы, например, Vibrio parahaemolyticus, встречаются в прибрежных зонах, и их появление имеет сезонный характер. Полагается, что носителями этого микроорганизма являются морские обитатели, а заражение человека происходит через заглатываемую воду или вместе с едой, пораженной вибрионами. Таким образом, в жаркий летний период следует избегать попадания воды в рот и не питаться необработанной термически морокой едой (рыба и моллюски).

Наибольший интерес среди сапронозных возбудителей инфекций вызывают легионеллы. Эти микроорганизмы не всегда заражают человека (в основном поражаются дети, старики, заядлые курильщики и люди с пониженным иммунитетом), однако широкое распространение легионелл и высокая смертность от легионеллеза (до 20 % случаев) вызывает опасения у исследователей-эпидемиологов. В природе эти бактерии паразитируют внутри простейших, а попадая в организм человека в виде вдыхаемого аэрозоля воды, легионеллы принимают иммунные клетки наших лёгких за те самые простейшие, в которых они обычно паразитируют, и происходит инфицирование человека. Есть несколько задокументированных случаев, когда заражение происходило через проглатывание воды. Излюбленным местом обитания легионелл являются замкнутые водопроводные системы с подогревом, кондиционеры, спа, джакузи, общественные душевые, градирни. Оптимальная температура для роста и размножения — 32–42 ^oС. Особенностью этого микроорганизма таже является усточивость к относительно высоким температурам, возбудитель инфекции может выживать при 50–55 ^oС. В том числе по этой причине недавнее предложение понижения температуры горячей воды вызвало столь бурную дискуссию в российском обществе.

Автохтонные микроорганизмы (естественные обитатели поверхностных водоемов)

Выше мы коснулись патогенных микроорганизмов, которые тесно связаны с человеком или животными. А кто же явлетется истинным хозяином поверхностных водоемов?

Подобно лесу, населенному множеством деревьев, толщу воды пронизывают одноклеточные водоросли, микроаэрофильные грибы (грибы которым для дыхания нужно немного кислорода), бактерии, в основном олиготрофные (те, кому не требуется много питания), свободноживущие протисты, и бактериофаги (вирусы бактериальных клеток). Эти микроорганизмы образуют плотную сеть из взаимодействий, поэтому их можно по праву назвать микрофлорой воды.

Как правило, эти микроорганизмы представлены видами, растущими при температуре 20 ^oС и ниже, то есть их оптимальная температура роста не совпадает с оптимумом роста патогенных микробов, которые лучше всего растут при температуре, близкой к температуре тела человека — 37 ^oС. Этим пользуются экологи и микробиологи: по отношению числа бактерий, выросших при 22 ^oС, к бактериям, выросшим при 37 ^oС, определяют индекс самоочищения водоема. Например, при фекальном загрязнении водоемов, это отношение близко к 1, а при значениях 4 и выше считается, что водоем очистился (ссылка на СанПиН).

Важно: чаще автохтонные микроорганизмы безопасны для человека из-за невысокого содержания в воде и невозможности размножаться при температуре 37 ^oС, однако серьёзную опасность для человека могут представлять их токсины.

Микроорганизмы — проценты токсинов

Водоросли (микроорганизмы, содержащие зеленый пигмент — хлорофилл) — обитатели спокойных и богатых питательными элементами водоемов. Сами микроорганизмы не заражают человека, но синтезируют и выделяют в воду цианотоксины, вызывающие поражение внутренних органов человека и животных: гепатотоксины (Microcystis, Anabaena, Oscillatoria, Nodularia, Nostoc, Cylindrospermopsis и Umezakia), нейротоксины (Aphanizomenon и Oscilatoria) и почечные токсины (Cylindroapermopsis raciborski). Это явление часто встречается в спокойных непроточных водоемах в летний период.

Важно: помимо открытых водоёмов водоросли способны размножаться в воде при её хранении, например, в бутылях для кулеров, при условии наличия источника света и ненадлежащей очистке тары при повторном использовании.

Микромицеты (микроскопические грибы), наряду с водорослями продуцируют чрезвычайно токсичные микотоксины, такие как патулин, афлотоксины и зеараленон. Особенностью этих токсинов является их устойчивость к температурной обработке и высокая онкогенность. Следует отметить, что в основном отравления микотоксинами происходят через пищу, однако, учитывая содержание грибов открытых водоёмах Российской Федерации (до 1 000 КОЕ/мл), можно утверждать, что возможно влияние микотоксинов на человека через потребление воды. В большинстве случаев микромицеты встречаются в водоемах в виде дрожжеподобных форм (не образуют разветвленный мицелий) и спор, представленых родами Aspergillis, Fusarium, Penicillum, Cladosporium, Alternaria. Часто споры микромицетов и выделяемые микромицетами вещества активно влияют на иммунную систему человека, являясь активными сенсебилизаторами аллергических реакций. Основным местообитанием микромицетов являются почвы, поскольку для развития необходим кислород, но есть и микроаэрофильные микромицеты, основным местообитанием которых является вода. Эти микроорганизмы не встречаются в подземных водах, могут находися в окрытых водоемах, а также находится и даже размножаться в водопроводе.

Важно: в Российской Федерации содержание микромицетов и водорослей в воде не регламентируется.

Микрофлора водопроводной воды

Выше мы описывали микрофлору в основном природной воды. Следует обсудить микробиологический состав той воды, которая течёт у нас из крана. Следует понимать, что перед тем, как вода попадает к нам в дом через централизованный водопровод, она проходит процессы водоподготовки, которые включают в себя дезинфекцию воды.

Важно: в Российской Федерации главными источниками воды являются открытые водоёмы, а основным методом дезинфекции — хлорирование воды.

Считается, что содержание свободного хлора в концентрациях 0.3-0.5 мг/л свидетельствует о санитарной безопасности воды. Но как уже было сказано выше, микроорганизмы научились приспосабливаться к различным условиям среды, поэтому водопроводная вода также содержит микрофлору. Условно микроорганизмы водопроводной воды также можно разделить на автохтонные и аллохтонные.

Автохтонные микроорганизмы водопровода — это организмы, которые научились закрепляться в системе водоснабжения и даже размножаться. Как правило они существуют в виде биоплёнок — полисахаридных слизеподобных образованиях, которые многократно повышают устойчивость организмов в окружающей их среде (хлорированной водопроводной воде) (рис. 2).

Рисунок 2

a — стадии развития биоплёнок на поверхностях;

б — фотография биоплёнки на сканирующем микроскопе

К автохтонным микроорганизмам водопровода можно отнести железобактерии (роды Gallionella, Leptothrix, Crenothrix, Siderocapsa), нитрифицирующие бактерии (роды Nitrospira, Nitrococcus, Nitrospina) и различные олиготрофные организмы, которые для функционирования требуется минимальное содержание органического вещества (роды Leptothrix, Crenothrix).

Железобактериям не требуется органического вещества, и энергию для жизнедеятельности они добывают из энергии химических связей: микроорганизмы переводят закисное железо Fe²⁺ в окисное Fe³⁺, после чего аккумулируют железо в слизях и капсулах. Даже при незначительном количестве (менее 0.3 мг/л) в воде клетки микроорганизмов активно аккумулируют железо Fe²⁺. Представители этих родов не патогенны, но могут снизить качество воды до полностью непригодного. Как правило, вместе с аккумуляцией железа происходит и аккумуляция солей марганца. В результате биообрастаний внутренние поверхности металлических трубопроводов покрываются наростами и отложениями (рис. 3).

Рисунок 3 — Отложение солей железа и марганца в водопроводе в ходе жизнедеятельности железобактерий.

Нитрифицирующие бактерии участвуют в образовании обрастаний вместе с железобактериями. Эти микроорганизмы переводят аммонийный и нитритный азот, присутствующий в воде, в нитраты (рис. 4).

NH₃ + O₂ + НАДН₂ → NH₂OH + H₂O + НАД⁺

NH₂OH + H₂O → HNO₂ + 4H⁺ + 4e^—

1/₂O₂ + 2H⁺ + 2e^— → H₂O

NO₂^— + H₂O → NO₃^— + 2H⁺ + 2e^—

Рисунок 4 — Схема микробиологической нитрификации в воде

Основной вред нитрифицирующих бактерий заключается в том, что при высоком содержании в воде аммония и нитритов, а также при обеззараживании воды хлорамином, они могут накапливать в воде нитраты — пищу для других бактерий. Таким образом, нитрифицирующие бактерии являются центрами обрастаний и биопленок в системе водоснабжения. Также эти микроорганизмы в системах водоснабжения ухудшают дезинфицирующие (частично разрушают хлорамин — вещество для дезинфекции воды) и органолептические свойства (запах и цвет), а высокое содержание образовавшихся нитратов может вызывать метгемоглобинемию (особенно часто у детей).

Потенциально опасные микроорганизмы в биопленках

Биопленки, созданные железобактериями и нитрификаторами, часто в качестве «гостей» занимает опасная для человека микрофлора. Биопленки создают уникальные условиях, помогая микроорганизмам перенести неблагоприятные воздействия окружающей среды: влияние дезинфицирующих агентов, температуры и питательных элементов.

Настоящей проблемой являются внутрибольничные инфекции, возбудители которых находятся в больницах в виде биопленок. Биопленки могут содержать опасные бактерии как внутри водопровода, попадая внутрь при плохой дезинфекции либо нарушении водопроводной сети, так и на «выходе», при попадании в систему водоснабжения с фекалиями (рис. 5)

Рисунок 5 — Биоплёнки, образующиеся водопроводном бытовом кране.

Показано, что представители следующих условно-патогенных и патогенных родов бактерий могут образовывать биопленки: Psudomonas (сепсисы, отравления), Mycobacterium (туберкулез, лепра), Campylobacter (кампилобактериоз), Klebsiella (сепсисы, пневмония), Aeromonas (отравления), Legionella (легионелез), Helicibacter (язва, рак желудка), Salmonella (сальмонелез). Исследование бытовых кранов кухонь и душевых в Индии показало, что из 187 выделенных штаммов потенциальных патогенов, 20 % образовывали биопленки. Таким образом, даже если вода при водоподготовке отвечает всем санитарным требованиям, на выходе она может повторно загрязнятся через биопленки, образованные на кране.

Флора (микробиология) — Flora (microbiology)

Микрофотография микрофлоры бактерий Streptococcus pyogenes, 900x Mag.

В микробиологии коллективные бактерии и другие микроорганизмы в организме хозяина известны как флора . Хотя микрофлора широко используется, термин микробиота становится все более распространенным, поскольку микрофлора используется неправильно. Флора относится к Королевству Plantae . Микробиота с животными характеристиками классифицируется как микрофауна .

Классификация микрофлоры

Микрофлора делится на две категории в зависимости от происхождения микроорганизма.

• Автохтонная флора. — Бактерии и микроорганизмы, обитающие в среде хозяина.
• Аллохтонная флора. — Временные микроорганизмы, не принадлежащие к среде хозяина.

Роли

Микрофлора — это сообщество бактерий, которые существуют внутри или внутри тела и обладают уникальными экологическими отношениями с хозяином. Эта взаимосвязь охватывает широкий спектр микроорганизмов и взаимодействия между микробами. Эти взаимодействия часто представляют собой взаимные отношения между хозяином и автохтонной флорой. Микрофлора, вызывающая вредоносные заболевания, часто является аллохтонной флорой.

Проекты

В 2008 году Национальные институты здравоохранения начали проект « Микробиом человека», призванный помочь понять влияние бактериальной флоры человека на здоровье. Биологи считают, что бактериальная флора может играть определенную роль в таких заболеваниях, как рассеянный склероз . Кроме того, изучение флоры может иметь промышленные преимущества, такие как пищевые добавки, такие как пробиотики . Считается, что живые микроорганизмы в пробиотиках положительно влияют на здоровье, и их использовали в исследованиях, касающихся желудочно-кишечных заболеваний и аллергии.

Смотрите также

Ссылки

<img src=»https://en.wikipedia.org//en.wikipedia.org/wiki/Special:CentralAutoLogin/start?type=1×1″ alt=»» title=»»>

Микрофлора — обзор | Темы ScienceDirect

4.

2.2 Микробиота

Недавно было признано, что микробиота, бактериальный состав кишечника животных, оказывает очень значительное влияние на многие аспекты биологии животного. Эти эффекты кажутся настолько распространенными, что кажется невероятным, чтобы микробиота не влияла на другие инфекции хозяина. Есть как минимум три способа, с помощью которых это могло произойти. Во-первых, микробиота оказывает метаболическое воздействие на пищу, которую принял хозяин, что, следовательно, влияет на фактическое питание хозяина.Таким образом, микробиота может быть частью воздействия питания хозяина на инфекцию. Во-вторых, микробиота влияет на локальную физиологию кишечника хозяина, что, следовательно, влияет на нишу, которую используют кишечные паразиты. Например, виды комменсальных бактерий могут влиять на создание патогенных бактерий. В-третьих, микробиота оказывает иммунологические эффекты как локальные в кишечнике, так и более системные, и эти иммунологические эффекты будут влиять на паразитов и другие инфекции. Таким образом, с нашей точки зрения инфрасообщества микробиота сама по себе является неотъемлемой частью этого инфрасообщества (действительно, она может иметь самую большую компонентную биомассу среди инфрасообщества любого человека).Таким образом, это ясно указывает на то, что инфрасообщество является одновременно результатом процессов воздействия и восприимчивости, но что в этом случае инфрасообщество также является действующим лицом во внутренних процессах, влияющих на восприимчивость. Таким образом, микробиота является примером того, как рассматривать и концептуализировать хост-инфраструктуры.

Микробиота стала доступной для анализа благодаря подходам к секвенированию ДНК; до этого с большей частью микробиоты, включая анаэробные виды, было трудно, если вообще возможно, работать с использованием классических микробиологических подходов (например,грамм. культура in vitro). Чтобы представить микробиоту: у людей микробиота состоит из более чем 1000 видов, присутствующих в больших количествах (около килограмма клеток; 9 из каждых 10 клеток в организме человека являются микробными), содержащих в ≥200 раз больше генов (т. Е. микробиом) как наш собственный геном, с метаболическими и другими эффектами (Candela et al ., 2010; Ding et al ., 2010; Eckburg et al ., 2005; Heijtz et al ., 2011; Ли и Мазманян, 2010 г .; Лей и др. ., 2006; Лей, 2010; Lozupone et al ., 2012; Pennisi, 2010; Раджилич-Стоянович и др. ., 2007; Turnbaugh и др. ., 2006, 2008, 2009). Большинство кишечных бактерий (микробиота) являются нормальными комменсальными колонистами кишечника; некоторые из них всегда являются патогенными (облигатные патогены), некоторые иногда являются патогенами (условно-патогенные микроорганизмы). Таким образом, микробиота кишечника представляет собой смесь таксонов с различными эффектами и отношениями к хозяину. Микробиота формирует развитие «нормального» кишечника человека и играет важную роль в иммунологической толерантности и «нормальной» иммунологической функции (Brugman and Nieuwenhuis, 2010; Candela et al ., 2010; Серф-Бенуссан и Габорио-Рутио, 2010 г . ; Чанг и Каспер 2010; Хэнд и Белкайд, 2010; Ли и Мазманян, 2010). Появляется все больше доказательств того, что микробиота играет роль в иммунной дисрегуляции, например, при воспалительных заболеваниях кишечника (Round and Mazmanian, 2009). Было проведено исследование того, что формирует состав микробиоты человека. Люди начинают заселяться микробами с рождения (Manco et al ., 2010), поэтому события в материнском и детском возрасте могут иметь пожизненные последствия (Collado et al ., 2010; Gareau et al. ., 2010; Spor и др. ., 2011). В течение первого года жизни отдельные микробиоты различаются, но это сходится к смешению основных таксономических групп микробов (Firmicutes, Bacteriodetes и т. Д.) Примерно с 1 года жизни, которое сохраняется на протяжении всей жизни (Booijink et al ., 2010; Palmer и др. ., 2007; Тернбо и др. ., 2009). Несмотря на это, существует большая степень межиндивидуальной вариабельности микробиоты, так что люди имеют свой собственный «отпечаток пальца» микробных видов (Kuczynski et al . , 2010). Существует как экологический (например, воздействие микробов, диета, эффекты инфекции), так и генетический компонент, контролирующий микробиоту (Benson et al ., 2010; Booijink et al ., 2010; Brugman and Nieuwenhuis, 2010; De Filippo ). et al ., 2010; Hilberbrandt et al ., 2009; Kuczynski et al ., 2010; Ley et al ., 2005; McKnite et al ., 2012; Palmer et al ., 2007; Spor и др. ., 2011; Stecher и др. ., 2010; Turnbaugh et al. ., 2009; Walk и др. ., 2010; Яцуненко и др. ., 2012).

С этой точки зрения, возможно, несколько удивительно, что на сегодняшний день существует довольно мало исследований, изучающих, как микробиота хозяина влияет на паразитарные инфекции. (Тем не менее, в настоящее время проводится много исследований микробных патогенов, в частности, стремятся использовать подходы, которые манипулируют микробиотой для обеспечения антипатогенной терапии, поскольку комменсалы могут влиять на создание и т. патогенных бактерий.) Однако недавно было обнаружено прямое влияние микробиоты хозяина на инфекции нематод. Например, успешное внедрение T. muris в кишечнике хозяина и жизнеспособность яиц нематод частично зависит от взаимодействия с кишечными бактериями (Hayes et al ., 2010). Кроме того, клинические синдромы, такие как диарея, вызванная Trichuris suis , у свиней зависит от коинфекции спирохетами (Rutter and Beer, 1975). Эффекты также двухсторонние: T.suis у свиней изменяет микробиоту свиней, как и инфекция H. polygyrus в микробиоте мышей (Walk et al ., 2010; Wu et al ., 2012). Была обнаружена взаимосвязь между бактериальной инфекцией ( Bordetella bronchiseptica в дыхательных путях) и желудочно-кишечной нематодной инфекцией ( Graphidium strigosum ) у кроликов, так что гельминтозная инфекция была более распространена у совместно инфицированных животных по сравнению с гельминтозной инфекцией. только инфицированные животные (Murphy et al . , 2011; Pathak и др. ., 2012). Требуется больше такой работы, в частности, чтобы выявить направленность эффектов, что может потребовать, например, экспериментального анализа временных рядов (раздел 5).

Таким образом, недавние обширные данные показали, как микробиота хозяина оказывает всепроникающее влияние на биологию хозяина. Когда паразитологи рассматривают инфрасообщество хозяина, становится ясно, что микробиоту тоже необходимо учитывать. Невозможно вообразить, что микробиота не имеет отношения к формированию инфракоммунитов гельминтов и простейших, и ранние данные сейчас показывают это.Это легко представить для кишечных паразитов, но влияние микробиоты на питание и иммунитет в целом по всему телу делает это актуальным для паразитов, населяющих все ткани.

желудочно-кишечный эпителий и его аутохтонная бактериальная флора | Журнал экспериментальной медицины

Колонизация желудочно-кишечного тракта бактериями нормальной флоры отслеживалась бактериологическими и специальными гистологическими методами на мышах из нескольких колоний.Эти гистологические методы были разработаны для сохранения тесных ассоциаций, которые устанавливаются между конкретными штаммами микроорганизмов и эпителием слизистой оболочки определенных областей кишечника. Результаты были следующими:

1. Различные штаммы бактерий нормальной флоры закрепились в различных областях кишечника детенышей мышей в соответствии с определенной временной последовательностью.

2. Первыми типами бактерий, которые можно было культивировать из кишечника, были лактобациллы и стрептококки группы N.В течение первого дня после рождения эти бактерии колонизировали весь пищеварительный тракт и образовывали слои на многослойном плоском эпителии несекретирующей части желудка и дистального отдела пищевода.

3. Следующие типы бактерий были колиформными и энтерококками. Примерно с 9-го по 18-й день после рождения эти бактерии могут культивироваться в чрезвычайно большом количестве из слепой и толстой кишки. Гистологические срезы этих органов, взятые в течение первых 2 или 3 дней этого интервала, выявили микроколонии грамположительных кокков парами и крошечные грамотрицательные палочки, внедренные в слизистый слой эпителия.Микроколонии были хорошо отделены от смеси пищеварительного тракта и бактерий, которые занимали центр просвета; они могли состоять из упомянутых выше колиформных бактерий и энтерококков; но эту возможность еще предстоит доказать.

4. Гистологические срезы также показали, что примерно на 12-й день после рождения в слизистой оболочке присутствовали длинные тонкие палочки с грамотрицательной переменной с сужающимися концами, бок о бок с небольшими грамотрицательными палочками и грамположительными кокками. слой. К 15-му дню после рождения веретенообразные бактерии образовали толстые слои слизи и, по-видимому, были единственными бактериями, оставшимися в этом месте.Пока невозможно подсчитать эти конические стержни методами культивирования, но, судя по внешнему виду на гистологических срезах, кажется, что они превосходят по численности все другие бактерии в слепой и толстой кишке в целых 1000 раз.

Следует подчеркнуть, что эти бактериальные слои легко разрушаются и даже смываются обычными гистологическими методами; их открытие произошло во многом благодаря использованию специальных гистологических методов, описанных в тексте.

Бактериологические и гистологические данные, описанные здесь, являются дополнительным доказательством гипотезы о существовании симбиотических ассоциаций между микроорганизмами и животными и о том, что очень большой процент бактерий в желудочно-кишечном тракте составляет истинную автохтонную флору.

Постоянное появление нескольких различных ассоциаций бактерий с особыми гистологическими структурами животного-хозяина делает устаревшим представление о том, что кишечник представляет собой хемостат, в котором популяции бактерий случайным образом перемешаны.Для полного понимания экологии нормальной микрофлоры необходимо рассматривать поверхности тела как отдельные микроокружения, в которых практически чистые культуры нескольких видов микроорганизмов взаимодействуют со своим хозяином и соседними микробными популяциями. По общему признанию, эксперименты, основанные на этой гипотезе, сложно спланировать, но, с другой стороны, исследования, основанные на предположении, что микроорганизмы существуют в виде смесей в желудочно-кишечном тракте, будут иметь лишь ограниченную ценность и часто могут вводить в заблуждение.

Как автохтонные микроорганизмы влияют на физиологический статус Zea mays L., выращиваемого на почвах, загрязненных тяжелыми металлами?

Абдельмонейм Т.С., Мусса Т.А., Альмаграби О.А., Абдельбаги I (2014) Исследование влияния арбускулярных микоризных грибов на устойчивость растений кукурузы к стрессу тяжелых металлов. Life Sci J 11: 255–263

CAS Google ученый

Андраде С.А., да Силвейра А.П. (2008) Влияние микоризы на развитие кукурузы в условиях стресса Cd и поступления фосфора.Braz J Plant Physiol 20: 39–50

Статья Google ученый

Anjum SA, Tanveer M, Hussain S, Ashraf U, Khan I, Wang L (2017) Изменение роста, газообмена листьев и фотосинтетических пигментов растений кукурузы при комбинированном стрессе кадмия и мышьяка. Загрязнение воды и воздуха 228: 13. https://doi.org/10.1007/s11270-016-3187-2

CAS Статья Google ученый

Анджум С.А., Танвир М., Хусейн С., Ван Л., Хан И., Самад Р.А., Тунг С.А., Анам М., Шахзад Б. (2016) Морфофизиологические реакции роста и урожайности двух контрастирующих сортов кукурузы на воздействие кадмия.CLEAN Soil Air Water 44: 29–36

CAS Статья Google ученый

Бачмага М., Боровик А., Кухарски Дж., Томкиел М., Вышковска Дж. (2015) Микробная и ферментативная активность почвы, загрязненной смесью дифлуфеникан + мезосульфурон-метил + йодосульфурон-метил-натрия. Environ Sci Pollut Res Int 22: 643–656

Статья Google ученый

Bai J, Lin X, Yin R, Zhang H, Junhua W., Xueming C, Yongming L (2008) Влияние арбускулярных микоризных грибов на поглощение As и P кукурузой ( Zea mays L.) из почв, загрязненных As. Appl Soil Ecol 38: 137–145

Артикул Google ученый

Ban Y, Xu Z, Zhang H, Chen H, Tang M (2015) Химические свойства почвы, транслокация тяжелых металлов и микоризные грибы, связанные с шестью видами растений, произрастающими на свинцово-цинковых хвостохранилищах. Ann Microbiol 65: 503–515

CAS Статья Google ученый

Bidar G, Garcon G, Pruvot C, Dewaele D, Cazier F, Douay F, Shirali P (2007) Поведение Trifolium repens и Lolium perenne , растущее на поле, загрязненном тяжелыми металлами: концентрация металлов в растениях и фитотоксичность.Environ Pollut 147: 546–553

CAS Статья Google ученый

Bonfante P, Genre A (2010) Механизмы, лежащие в основе полезных взаимодействий растений и грибов в микоризном симбиозе. Нац Коммуна 1:48. https://doi.org/10.1038/ncomms1046

CAS Статья Google ученый

Боте Х, Регвар М., Турнау К. (2010) Арбускулярная микориза, тяжелые металлы и солеустойчивость.В: Sherameti I, Varma A (eds) Почвенные тяжелые металлы. Springer, Berlin, Heidelberg, pp. 87–111

Google ученый

Bowen GD, Rovira AD (1961) Влияние микроорганизмов на рост растений. Растительная почва 15: 166–188

Статья Google ученый

Bremner JM (1996) Азот — общий. В: Sparks DL, Page AL, Helmke PA, Loeppert RH, Soltanpour PN, Tabatabai MA, Johnston CT, Sumner ME (eds) Методы анализа почвы, часть 3: химический метод.Американское общество агрономии и почвоведения Америки, Мэдисон, Висконсин, США, стр. 1085–1121

Google ученый

Cabral C, Ravnskov S, Tringovska I, Wollenweber B (2016) Арбускулярные микоризные грибы изменяют распределение питательных веществ и состав в пшенице ( Triticum aestivum L.), подверженной тепловому стрессу. Растительная почва 408: 385–399

CAS Статья Google ученый

Casida LE Jr, Klein DA, Santoro T (1964) Дегидрогеназная активность почвы.Soil Sci 98: 371–376

CAS Статья Google ученый

Cetner MD, Kalaji HM, Goltsev V, Aleksandrov V, Kowalczyk K, Borucki W, Jajoo A (2017) Влияние дефицита азота на эффективность светоуборочного аппарата для редиса. Plant Physiol Biochem 119: 81–92

CAS Статья Google ученый

Chen J, He F, Zhang X, Sun X, Zheng J, Zheng J (2014) Загрязнение тяжелыми металлами снижает численность, разнообразие и активность микробов во фракциях размера частиц рисовой почвы.FEMS Microbiol Ecol 87: 164–181

CAS Статья Google ученый

Chen YE, Cui JM, Yang JC, Zhang ZW, Yuan M, Song C, Yang H, Liu HM, Wang CQ, Zhang HY, Zeng XY, Yuan S (2015) Биомониторинг загрязнения тяжелыми металлами по видимым параметрам мха . J Hazard Mater 296: 201–209

CAS Статья Google ученый

Ci D, Jiang D, Wollenweber B, Dai T., Jing Q, Cao W. (2010) Кадмиевый стресс в проростках пшеницы: рост, накопление кадмия и фотосинтез.Acta Physiol Plant 32: 365–373

CAS Статья Google ученый

Després V, Huffman JA, Burrows SM, Hoose C, Safatov A, Buryak G, Frӧhlich-Nowoisky J, Elbert W, Andreae MO, Pӧschl U, Jaenicke R (2012) Первичные биологические аэрозольные частицы в атмосфере: a рассмотрение. Tellus Ser B Chem Phys Meteorol 64: 15598. https://doi.org/10.3402/tellusb.v64i0.15598

Артикул Google ученый

Dhindsa RS, Plumb-Dhindsa P, Thorpe TA (1981) Старение листьев: коррелирует с повышенными уровнями проницаемости мембран и перекисного окисления липидов, а также с пониженными уровнями супероксиддисмутазы и каталазы.J Exp Bot 32: 93–101

CAS Статья Google ученый

Dias MC, Monteiro C, Moutinho-Pereira J, Correia C, Gonçalves B, Santos C (2013) Токсичность кадмия влияет на фотосинтез и рост растений на разных уровнях. Acta Physiol Plant 35: 1281–1289

CAS Статья Google ученый

Egnér H, Riehm H, Domingo WR (1960) Untersuchungen über die chemische Bodenanalyse als Grundlage für die Beurteilung des Nährstoffzustandes der Böden.II. Chemische Extraktionsmethoden zur Phosphor-und Kaliumbestimmung. Kungliga Lantbrukshögskolans Annaler 26: 199–215

Google ученый

Ercoli L, Schüßler A, Arduini I, Pellegrino E (2017) Сильное увеличение содержания железа и цинка в твердых сортах пшеницы за счет инокуляции арбускулярных микоризных грибов при различной доступности азота в почве. Растительная почва 419: 153–167

CAS Статья Google ученый

Фарук М.А., Али С., Хамид А., Исхак В., Махмуд К., Икбал З. (2013) Снижение токсичности кадмия кремнием связано с повышенным фотосинтезом, антиоксидантными ферментами; подавляет поглощение кадмия и окислительный стресс в хлопке.Ecotoxicol Environ Saf 96: 242–249

CAS Статья Google ученый

Фирмин С., Лабиди С., Фонтейн Дж., Ларуэль Ф., Тиссеран Б., Нсанганвимана Ф, Пуррут Б., Дальпе Й, Грандмугин А., Дуэ Ф., Ширали П., Вердин А., Лунес-Хадж Сахраоуи Микорицул А. (2015) грибковая инокуляция защищает Miscanthus × giganteus от токсичности микроэлементов на участках, сильно загрязненных металлами. Sci Total Environ 527: 91–99

Статья Google ученый

Ghnaya T, Slama I, Messedi D, Grignon C, Ghorbel MH, Abdelly C (2007) Влияние Cd ²⁺ на поглощение K ⁺ , Ca ²⁺ и N двумя галофитами Sesuvium portulacastrum и Mesembryanthemum crystalinum : последствия для роста.Химия 67: 72–79

CAS Статья Google ученый

Gianinazzi S, Gollotte A, Binet MN, van Tuinen D, Redecker D, Wipf D (2010) Агроэкология: ключевая роль арбускулярной микоризы в экосистемных услугах. Микориза 20: 519–530

Статья Google ученый

Giller KE, Witter E, McGrath SP (2009) Тяжелые металлы и почвенные микробы. Soil Biol Biochem 41: 2031–2037

CAS Статья Google ученый

Гольцев В.Н., Каладжи Х.М., Паунов М., Бэба В., Горачек Т., Мойски Дж., Коциел Х., Аллахвердиев С.И. (2016) Переменная флуоресценция хлорофилла и ее использование для оценки физиологического состояния фотосинтетического аппарата растений.Russ J Plant Physiol 63: 869–893

CAS Статья Google ученый

Gucwa-Przepiora E (2012) Udział mikoryzy arbuskularnej w processach fitoremediacji-mikoryzoremediacja. Wiadomości Botaniczne 56

Gucwa-Przepióra E, Blaszkowski J, Kurtyka R, Malkowski L, Malkowski E (2013) Арбускулярная микориза Deschampsia cespitaminosa в южной части почвы, сильно загрязненная Poacepitosa (глубина ) Польша.Acta Soc Bot Pol 82: 251–258

Статья Google ученый

Guo W, Zhao R, Zhao W, Fu R, Guo J, Bi N, Zhang J (2013) Влияние арбускулярных микоризных грибов на кукурузу ( Zea mays L.) и сорго ( Sorghum bicolor L . Moench), выращенные в редкоземельных элементах хвостов шахт. App Soil Ecol 72: 85–92

Статья Google ученый

Haney CH, Samuel BS, Bush J, Ausubel FM (2015) Ассоциации с ризосферными бактериями могут дать растениям адаптивные преимущества.Нат Растения 1: 15051. https://doi.org/10.1038/nplants.2015.51

CAS Статья Google ученый

Hattab S, Dridi B, Chouba L, Kheder MB, Bousetta H (2009) Фотосинтез и реакции роста гороха Pisum sativum L. при стрессе тяжелых металлов. J Environ Sci 21: 1552–1556

CAS Статья Google ученый

Huang H, Zhang S, Wu N, Luo L, Christie P (2009) Влияние микоризы Glomus etunicatum / Zea mays на деградацию атразина, активность фосфатаз и дегидрогеназ в почве и структуру почвенных микробов.Soil Biol Biochem 41: 726–734

CAS Статья Google ученый

Islam F, Yasmeen T, Ali Q, Ali S, Arif MS, Hussain S, Rizvi H (2014) Влияние Pseudomonas aeruginosa в качестве PGPR на устойчивость к окислительному стрессу у пшеницы в условиях Zn-стресса. Ecotoxicol Environ Saf 104: 285–293

CAS Статья Google ученый

Islam F, Yasmeen T, Ali Q, Mubin M, Ali S, Arif MS, Hussain S, Riaz M, Abbas F (2016) Медно-резистентные бактерии снижают окислительный стресс и поглощение меди растениями чечевицы: потенциал для бактериальная биоремедиация.Environ Sci Pollut Res 23: 220–233

CAS Статья Google ученый

ISO 11277: 2009 — Качество почвы — Определение гранулометрического состава в минеральном почвенном материале — Метод просеивания и осаждения

ISO 13878: 1998 — Качество почвы — Определение общего содержания азота путем сухого сжигания («элементное анализ »)

Kalaji HM, Bąba W, Gediga K, Goltsev V, Samborska IA, Cetner MD, Dimitrova S, Piszcz U, Bielecki K, Karmowska K, Dankov K, Kompała-Bba fluorescence as (2018) инструмент для определения статуса питательных веществ в растениях рапса.Photosynth Res 136: 329–343

CAS. Статья Google ученый

Kalaji HM, Oukarroum A, Alexandrov V, Kouzmanova M, Brestic M, Zivcak M, Samborska IA, Cetner MD, Allakhverdiev SI, Goltsev V (2014) Выявление дефицита питательных веществ у растений кукурузы и томатов с помощью хлорофилла in vivo измерений флуоресценции. Plant Physiol Biochem 81: 16–25

CAS Статья Google ученый

Köhl L, Lukasiewicz CE, Heijden MG (2016) Создание и эффективность инокулированных арбускулярных микоризных грибов в сельскохозяйственных почвах.Среда растительной клетки 39: 136–146

Статья Google ученый

Кузяков Ю., Сюй Х (2013) Конкуренция между корнями и микроорганизмами за азот: механизмы и экологическая значимость. Новый Phytol 198: 656–669

CAS Статья Google ученый

Li H, Luo N, Zhang LJ, Zhao HM, Li YW, Cai QY, Wong MH, Mo CH (2016) Влияют ли арбускулярные микоризные грибы на кинетику поглощения кадмия, внутриклеточное распределение и химические формы риса? Sci Total Environ 571: 1183–1190

CAS Статья Google ученый

Liang CC, Li T, Xiao YP, Liu MJ, Zhang HB, Zhao ZW (2009) Влияние инокуляции арбускулярными микоризными грибами на кукурузу, выращиваемую на почвах, загрязненных металлами.Int J Phytoremediat 11: 692–703

CAS Статья Google ученый

Liu T, Wang C, Chen H, Fang F, Zhu X, Tang M (2014) Влияние колонизации арбускулярной микоризой на производство биомассы и биоэнергии Populus × canadensis ‘Neva’in стерилизовано и нестерилизовано почва. Acta Physiol Plant 36: 871–880

CAS Статья Google ученый

Лорето Ф, Великова В. (2001) Изопрен, продуцируемый листьями, защищает фотосинтетический аппарат от повреждения озоном, подавляет продукты озона и снижает перекисное окисление липидов клеточных мембран.Физиология растений 127: 1781–1787

CAS Статья Google ученый

Małkowski E, Kurtyka R, Kita A, Karcz W (2005) Накопление Pb и Cd и его влияние на распределение Ca в проростках кукурузы ( Zea mays L.). Pol J Environ Stud 14: 203–207

Google ученый

Miransari M, Bahrami HA, Rejali F, Malakouti MJ (2009) Влияние уплотнения почвы и арбускулярной микоризы на кукурузу ( Zea mays L.) поглощение питательных веществ. Resil Tillage Res 103: 282–290

Статья Google ученый

Мобин М., Хан Н.А. (2007) Фотосинтетическая активность, пигментный состав и антиоксидантная реакция двух сортов горчицы ( Brassica juncea ), различающихся по фотосинтетической способности, подвергнутых кадмиевому стрессу. J Plant Physiol 164: 601–610

CAS Статья Google ученый

Mohite B (2013) Выделение и характеристика бактерий, продуцирующих индолуксусную кислоту (ИУК), из ризосферной почвы и их влияние на рост растений.J Soil Sci Plant Nutri 13: 638–649

Google ученый

Надим С.М., Ахмад М., Захир З.А., Джавид А., Ашраф М. (2014) Роль микоризы и ризобактерий, способствующих росту растений (PGPR), в повышении урожайности сельскохозяйственных культур в стрессовых условиях. Biotechnol Adv 32: 429–448

Статья Google ученый

Oliveira T, Mucha AP, Reis I., Rodrigues P, Gomes CR, Almeida CMR (2014) Фиторемедиация меди с помощью солончаков ( Phragmites australis ), усиленная автохтонной биоаугментацией.Mar Pollut Bull 88: 231–238

CAS Статья Google ученый

Passioura JB (2002) Состояние почвы и рост растений. Среда растительной клетки 25: 311–318

Статья Google ученый

Peijnenburg WJ, Zablotskaja M, Vijver MG (2007) Мониторинг металлов в земной среде в рамках биодоступности с акцентом на извлечение из почвы. Ecotoxicol Environ Saf 67: 163–179

CAS Статья Google ученый

Филипс Дж. М., Хейман Д. С. (1970) Усовершенствованные процедуры очистки корней и окрашивания паразитарных и везикулярно-арбускулярных микоризных грибов для быстрой оценки инфекции.Trans Br Mycol Soc 55: 158IN16–161IN18

Статья Google ученый

Pii Y, Mimmo T, Tomasi N, Terzano R, Cesco S, Crecchio C (2015) Микробные взаимодействия в ризосфере: благотворное влияние ризобактерий, способствующих росту растений, на процесс усвоения питательных веществ. Обзор Biol Fertil Soils 51: 403–415

CAS Статья Google ученый

PN-ISO 11265: 1997.Качество почвы — оценка электропроводности (на польском языке)

Pogrzeba M, Rusinowski S, Sitko K, Krzyżak J, Skalska A, Małkowski E, Werle S, McCalmont JP, Mos M, Kalaji HM (2017) Взаимосвязь между параметрами почвы и физиологический статус Miscanthus x giganteus, культивируемого на почве, загрязненной микроэлементами, при удобрении NPK по сравнению с микробной инокуляцией. Environ Pollut 225: 163–174

Poschenrieder C, Cabot C, Martos S, Gallego B, Barceló J (2013) Вызывают ли токсичные ионы гормезис у растений? Plant Sci 212: 15–25

CAS Статья Google ученый

Rizwan M, Ali S, Qayyum MF, Ok YS, Rehman MZ, Abbas Z, Hannan F (2017) Использование кукурузы ( Zea mays L.) для фитоменеджмента почв, загрязненных кадмием: критический обзор. Environ Geochem Hlth 39: 259–277

CAS Статья Google ученый

Rodriguez E, Santos MDC, Azevedo R, Correia C, Moutinho-Pereira J, Miguel J, de Oliveira JMPF, Dias MC (2015) Светонезависимые реакции фотосинтеза являются чувствительными биомаркерами для мониторинга фитотоксичности свинца в толерантном к свинцу свинце. Pisum sativum сорт. Environ Sci Pollut Res Int 22: 574–585

CAS Статья Google ученый

Ростами С., Аждарпур А., Ростами М., Самаи М.Р. (2016) Влияние одновременного применения регуляторов роста растений и биоаугментации на улучшение фиторемедиации почв, загрязненных пиреном.Chemosphere 161: 219–223

CAS Статья Google ученый

Schlemmer M, Gitelson A, Schepers J, Ferguson R, Peng Y, Shanahan J, Rundquist D (2013) Удаленная оценка содержания азота и хлорофилла в кукурузе на уровне листьев и растительного покрова. Int J Appl Earth Obs Geoinf 25: 47–54

Статья Google ученый

Шахид М., Пуррут Б., Думат С., Надим М., Аслам М., Пинелли Э. (2014) Активные формы кислорода, индуцированные тяжелыми металлами: фитотоксичность и физико-химические изменения в растениях.В: Whitacre DM (редактор) Обзоры загрязнения окружающей среды и токсикологии, международное издание Springer, том 232, стр. 1–44

Google ученый

Siedlecka A, Samuelsson G, Gardenstrom P, Kleczkowski LA, Krupa Z (1998) Активирующая модель реакции растений на умеренную стресс-взаимосвязь кадмия между карбоангидразой и Rubisco. Фотосинтез: механизмы и эффекты 4: 2677–2680

CAS Google ученый

Strasser RJ, Tsimilli-Michael M, Srivastava A (2004) Анализ переходной флуоресценции хлорофилла а.В: Papageorgiou GC, Govindjee, (eds.) Chlorophyll a Fluorescenc. Springer, Нидерланды, стр. 321-362

Sułowicz S, Płociniczak T, Piotrowska-Seget Z, Kozdrój J (2011) Значение березы серебряной и кустарника для создания микробного гетеротрофного сообщества в отвалах металлических рудников. Вода, загрязнение воздуха и почвы 214: 205–218

Статья Google ученый

Tang N, Li Y, Chen L-S (2012) Вызванное дефицитом магния нарушение фотосинтеза в листьях плодоносящих деревьев Citrus reticulata деревьев, сопровождающееся повышением регуляции метаболизма антиоксидантов во избежание фотооксидантного повреждения.J Plant Nutr Soil Sci 175: 784–793

CAS Статья Google ученый

Thijs S, Van Dillewijn P, Sillen W, Truyens S, Holtappels M, Haen J, Carleer R, Weyens N, Ameloot M, Ramos JL, Vangronsveld J (2014) Изучение ризосферных и эндофитных бактериальных сообществ Ameloot pseudoplatanus , растущие на почве, загрязненной TNT: к развитию консорциума, способствующего росту растений, способствующему детоксикации ризокомпетентным TNT.Растительная почва 385: 15–36

CAS Статья Google ученый

Tian Y, Zhang H, Guo W, Chen Z, Wei X, Zhang L, Han L, Dai L (2012) Оценка фиторемедиационного потенциала кукурузы биоэнергетических культур ( Zea mays ) в почве, загрязненной кадмием : морфология, фотосинтез и накопление. Fresenius Environ Bull 21: 3575–3581

CAS Google ученый

Touceda-González M, Prieto-Fernández Á, Renella G, Giagnoni L, Sessitsch A, Brader G, Kumpiene J, Dimitriou I, Eriksson J, Friesl-Hanl W, Galazka R, Jamssem Muller, Jamssem Muller, I, Neu S, Puschenreiter M, Siebielec G, Vangronsveld J, Kidd PS (2017) Структура и активность микробных сообществ в почвах, загрязненных микроэлементами, фитоуправляемыми с помощью вариантов мягкого восстановления (GRO).Environ Pollut 231: 237–251

Статья Google ученый

Trouvelot A, Kough JL, Gianinazzi-Pearson V (1986) Mesure du taux de mycorhization VA d’un systeme radiculaire. Исследование методов оценки, обеспечивающих функцию определения значения. В: Gianinazzi-Pearson V, Gianinazzi P (eds) Физиологические и генетические аспекты микоризы. INRA, Париж, стр. 217–221

Google ученый

Валлиер Дж. М., Аллен Э. Б. (2016) Интерактивные эффекты осаждения азота и стресса засухи на обратную связь между растением и почвой у проростков Artemisia californica .Растительная почва 403: 277–290

CAS Статья Google ученый

Verma JP, Yadav J, Tiwari KN, Jaiswal DK (2014) Оценка активности микробных штаммов, стимулирующих рост растений, и их влияние на рост и урожай нута ( Cicer arietinum L.) в Индии. Биохимик почвы 70: 33–37

CAS Статья Google ученый

Vivas A, Vörös I, Biró B, Campos E, Barea JM, Azcón R (2003) Симбиотическая эффективность автохтонного арбускулярного микоризного гриба ( G.mosseae ) и Brevibacillus sp. выделен из почвы, загрязненной кадмием, при повышении уровня содержания кадмия. Environ Pollut 126: 179–189

CAS Статья Google ученый

Vogel-Mikuš K, Drobne D, Regvar M (2005) Накопление Zn, Cd и Pb и колонизация арбускулярной микоризой кресс-салата Thlaspi praecox Wulf. ( Brassicaceae ) из окрестностей свинцового рудника и плавильного завода в Словении.Environ Pollut 133: 233–242

Статья Google ученый

Ван Ф.Й., Линь X. Г., Инь Р. (2007) Влияние инокуляции арбускулярного микоризного гриба на накопление тяжелых металлов кукурузой, выращиваемой в естественно загрязненной почве. Int J Phytoremediation 9: 345–353

Статья Google ученый

Ван И, Фанг Л., Линь Л., Луан Т., Там Н.Ф. (2014) Влияние низкомолекулярных органических кислот и активности дегидрогеназы в ризосферных отложениях мангровых растений на фиторемедиацию полициклических ароматических углеводородов.Chemosphere 99: 152–159

CAS Статья Google ученый

Watts-Williams SJ, Tyerman SD, Cavagnaro TR (2017) Двойное преимущество арбускулярных микоризных грибов при дефиците и токсичности цинка в почве: связь физиологии растений и экспрессии генов. Растительная почва 420: 375–388

CAS Статья Google ученый

Wolińska A, Stępniewska Z (2012) Активность дегидрогеназы в почвенной среде.В: Кануто Р.А. (ред.) Дегидрогеназы. InTech, https://doi.org/10.5772/48294. Доступно по адресу: https://www.intechopen.com/books/dehydrogenases/dehydrogenase-activity-in-the-soil-environment

Wu S, Zhang X, Chen B, Wu Z, Li T, Hu Y, Sun Y, Wang Y (2016) Иммобилизация хрома экстрарадикальным мицелием арбускулярной микоризы способствует устойчивости растений к хрому. Environ Exp Bot 122: 10–18

CAS Статья Google ученый

Wu Z, Liu S, Zhao J, Wang F, Du Y, Zou S, Li H, Wen D, Huang Y (2017) Сравнительные ответы на кремний и селен по отношению к антиоксидантной ферментной системе и глутатион-аскорбат цикл цветения пекинской капусты ( Brassica campestris L.ssp. chinensis var. utilis) при кадмиевом стрессе. Environ Exp Bot 133: 1–11

Статья Google ученый

Ян К., Ли Б., Симанн Э. (2015) Влияние удобрения на взаимодействие растений с почвой и устойчивость к засолению инвазивных растений Triadica sebifera . Растительная почва 394: 99–107

CAS Статья Google ученый

Yu X, Li Y, Zhang C, Liu H, Liu J, Zheng W, Kang X, Ленг X, Zhao K, Gu Y, Zhang X, Xiang Q, Chen Q (2014) Устойчивый к культивированию тяжелых металлов и бактерии, способствующие росту растений, в почве хвостохранилища магнетита V-Ti из Паньчжихуа, Китай.PLoS One 9: e106618. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0106618

CAS Статья Google ученый

Зарей М., Хемпель С., Вубет Т., Шефер Т., Савагеби Г., Джузани Г.С., Некоуей М.К., Бускот Ф. (2010) Молекулярное разнообразие арбускулярных микоризных грибов в зависимости от химических свойств почвы и загрязнения тяжелыми металлами. Environ Pollut 158: 2757–2765

CAS Статья Google ученый

Zhang FQ, Wang YS, Lou ZP, Dong JD (2007) Влияние стресса тяжелыми металлами на антиоксидантные ферменты и перекисное окисление липидов в листьях и корнях двух проростков мангровых растений ( Kandelia candel и Bruguiera gymnorrhiza ).Химия 67: 44–50

CAS Статья Google ученый

Zhang Y, Li T, Zhao ZW (2013) Характеристики колонизации и состав темных септатных эндофитов (DSE) в отвале свинцового и цинкового шлака на юго-западе Китая. Contam Contam Int J 22: 532–545

CAS Статья Google ученый

Zhu XC, Song FB, Liu SQ, Liu TD, Zhou X (2012) Арбускулярная микориза улучшает фотосинтез и состояние воды Zea mays L.в условиях засухи. Plant Soil Environ 58: 186–191

CAS Статья Google ученый

Zhu XC, Song FB, Xu HW (2010) Арбускулярная микориза снижает низкотемпературный стресс у кукурузы за счет изменения водного статуса хозяина и фотосинтеза. Растительная почва 331: 129–137

CAS Статья Google ученый

Оценка потенциала почвы к естественному ослаблению и автохтонной биоаугментации с использованием микрочипов и функциональных прогнозов на основе профилирования метагенома | Annals of Microbiology

Отбор проб почвы

Были определены три основных типа исследуемых территорий: постиндустриальные зоны с высоким уровнем антропогенизации (A), умеренным уровнем антропогенизации (B) и низким уровнем антропогенизации в соответствии с установленной законом формой естественная защита (С).На каждом участке был создан участок отбора проб (дополнительные материалы, Таблица S1) площадью 5 м × 5 м. Составной образец был взят с каждого участка (состоящий из 10 частичных образцов верхнего слоя почвы) с помощью пробоотборника Шелби (диаметр 2 см, глубина 10 см). Дополнительно была подготовлена ​​модельная система загрязнения почв с низким уровнем антропогенизации. Прибл. Из композитного образца почвы было взято 50 г, затем добавлено 5 г дизельного топлива (DO) и оставлено при комнатной температуре на 2 месяца.Почвы с добавкой DO были обозначены как тип D (дополнительные материалы, таблица S1). Выбранные концентрации углеводородов в образцах почвы были представлены в качестве дополнительного материала, Таблица S2.

Выделение консорциумов и приготовление посевного материала

Прибл. Из каждой пробы отбирали по 10 г почвы, добавляли к 90 мл 0,9% раствора NaCl и встряхивали 30 мин (150 об / мин). Затем системы оставляли на 10 минут для осаждения минеральных частиц, а затем 1 мл водной фазы переносили в колбы, содержащие трипсиновый соевый бульон (обычная питательная среда для поддержки роста широкого круга бактерий). (Вангер и др.2017) с добавлением 2% глюкозы. Полученные консорциумы (ConA-ConD) выращивали в течение 72 ч в аэробных условиях на шейкере (130 об / мин), затем центрифугировали (10 мин, 4000 об / мин) и трижды промывали 0,9% раствором NaCl, каждый раз центрифугируя согласно описанная процедура. Конечный посевной материал суспендировали в 0,9% растворе NaCl путем нормализации концентрации на основе оптической плотности OD (600) до значения 0,6 (Helios Delta Vis, ThermoFisher Scientific Inc., США).

Биоразложение углеводородов в модельных системах

Биоразложение проводилось в колбах типа Duran с перегородками, в модельных водных системах с добавлением дизельного топлива в качестве единственного источника углерода.Экспериментальная система состояла из 50 мл минеральной среды с микроэлементами (Na ₂ HPO ₄ 6,21 г / л, KH ₂ PO ₄ 2,8 г / л, NaCl 0,5 г / л, NH ₄ Cl 1,0 г / л, MgSO ₄ × 7H ₂ O 0,01 г / л, FeSO ₄ × 7H ₂ O 0,001 г / л, MnSO ₄ × 4H ₂ O 0,0005 г / л , ZnCl ₂ 0,00064 г / л, CaCl ₂ × 6H ₂ O 0,0001 г / л, BaCl ₂ 0,00006 г / л, CoSO ₄ × 7H ₂ O 0.000036 г / л, CuSO ₄ × 5H ₂ O 0,000036 г / л, H ₃ BO ₃ 0,00065 г / л, H ₂ MoO ₄ 0,005 г / л, EDTA 0,001 г / L, HCl 37% 0,0146 мл / л), 1 г дизельного топлива и 250 мкл микробного посевного материала. Биоразложение проводили в течение 7 дней при 25 ° C в аэробных условиях на шейкере (130 об / мин). Каждый образец готовился в шести повторах. Три были использованы для дальнейшего анализа биодеградации углеводородов, а три были использованы для анализа жизнеспособности консорциумов.Кроме того, были приготовлены три внутренних контроля без добавления микроорганизмов, чтобы исключить абиотическую потерю углеводородов.

Анализ биоразложения выбранных фракций углеводородов

После 7 дней процесса биоразложения образцы были подвергнуты экстракции. Прибл. К каждой системе добавляли 2,5 мл ацетона и встряхивали в течение 10 мин (150 об / мин). Затем вводили 200 мкл внутренних стандартов: н-нонан (Sigma-Aldrich Inc.), н-октакозан (Restek Inc.) и аценафтен-d10 (Restek Inc.) с концентрациями 6 мг / мл, 6 мг / мл и 1,5 мг / мл, соответственно, в смеси ацетон / гексан (2: 3 против / против ) . Затем добавляли 25 мл гексана (Poch Inc.) и снова встряхивали образцы в течение 60 мин (150 об / мин). Образцы стабилизировали в течение 30 минут до разделения фаз, и по каплям добавляли 2 мл ацетона (Poch Inc.) для удаления любых эмульсий. Приготовленные экстракты разбавляли в 25 раз гексаном и подвергали анализу ГХ-МС.

ГХ-МС анализ выполняли с использованием газового хроматографа Shimadzu 17A, соединенного с масс-спектрометром QP5000, оборудованным Rxi-5MS COLUMN (Restek Inc.). Были использованы следующие условия разделения: поток газа-носителя (гелий) 1,1 мл / мин, температура порта инжекции 250 ° C, режим инжекции без разделения, объем инжекции 1,0 мкл и программа температуры колонки 40 ° C, выдерживаемая в течение 1 мин, с линейной скоростью От 15 ° C / мин до 300 ° C и выдерживают в течение 7 мин. Условия детектирования: температура границы раздела 230 ° C, интервал сканирования 0.15 с, диапазон сканирования 33–250 м / з.

Оценка жизнеспособности консорциумов

Образцы были взяты из модельной системы через 24, 48, 72 и 168 часов биоразложения. Для определения жизнеспособности консорциумов использовали коммерчески доступный набор для анализа отношения АДФ / АТФ (Sigma-Aldrich Inc.). Прибл. 10 мкл каждого образца переносили в 96-луночный планшет, а затем добавляли реагент АТФ (приготовленный в соответствии с протоколом производителя). Образцы инкубировали в течение 60 с при комнатной температуре, а затем измеряли люминесценцию (RLUa) с помощью многорежимного планшет-ридера SpectraMax M2e (Molecular Devices Inc.). Образцы инкубировали еще 10 мин и снова измеряли люминесценцию (RLUb). Затем добавляли 5 мкл реагента ADP (приготовленного в соответствии с протоколом производителя). Через 60 с люминесценцию (RLUc) измеряли в третий раз. Отношение АДФ / АТФ рассчитывали по следующей формуле:

$$ \ frac {ADP} {ATP} ratio = \ frac {RLUc- RLUb} {RLUa} $$

Выделение ДНК и секвенирование

Выделение ДНК

Выделение генетического материала из образцов почвы и жидких культур проводили с использованием следующих наборов: Genomic Mini AX Soil Spin (A&A biotechnology Inc.) и Genomic Mini AX Bacteria Spin (A&A Biotechnology Inc.), соответственно, следуя рекомендациям производителей. Подтверждение эффективности выделения проводили флуорометрическим методом с использованием прибора Qubit 3.0 и набора для анализа дцДНК HS Qubit ™ (ThermoFisher Scientific Inc.).

ПЦР-амплификация и секвенирование

Универсальные прокариотические праймеры 515F-806R использовали для амплификации области V4 16S рРНК (Caporaso et al. 2012). Реакцию ПЦР проводили в объеме 25 мкл (5 мкл микробной матричной геномной ДНК, 5 мкл каждого праймера, 2.5 мкл воды для ПЦР (ThermoFisher Scientific Inc.) и 12,5 мкл основной смеси для ПЦР с полимеразой Taq (ThermoFisher Scientific Inc.). Использовали следующие условия реакции ПЦР: начальная денатурация 95 ° C в течение 3 минут; 35 циклов 1 мин при 95 ° C, 30 с при 52 ° C и 1 мин при 72 ° C; и окончательное удлинение при 72 ° C в течение 10 мин. Ампликоны очищали с использованием колонок Clean-Up (A&A Biotechnology Inc.) и затем использовали для создания библиотек. Секвенирование проводили с использованием MiSeq (Illumina Inc., CA) с набором реагентов MiSeq Reagent Kit v2 (2 × 250 п.н.) (Illumina Inc.). Подробности о подготовке библиотек были описаны в предыдущем исследовании (Szczepaniak et al., 2016).

Анализ данных после секвенирования

Необработанные данные в формате FASTQ были импортированы в программное обеспечение CLC Genomics Workbench 8.5 с помощью CLC Microbial Genomics Module 1.2 (Qiagen Inc.). Считывания были демультиплексированы, и парные концы были объединены (стоимость несоответствия = 2, минимальная оценка = 8, стоимость разрыва = 3, максимальное количество несовпадений невыровненных концов = 5).Затем последовательности праймеров были обрезаны (предел качества = 0,05, предел неоднозначности = N ), и были проведены идентификация и удаление химерных считываний. Выходные данные были независимо сгруппированы на основе двух справочных баз данных: SILVA v119 (Quast et al. 2013) и GreenGenes 13.5 (DeSantis et al. 2006) с уровнем вероятности 97% открытых таксономических единиц (OTU). На основе объединенной таблицы численности (сгруппированной по SILVA v119) были определены факторы альфа-биоразнообразия (количество OTU) и бета-биоразнообразия (Bray-Curtis PCoA).

Для прогнозирования содержания генов из каждой таблицы OTU, построенной против GreenGenes 13.5, использовался инструмент Филогенетического исследования сообществ путем реконструкции ненаблюдаемых состояний (PICRUSt) (Langille et al. 2013). Выходные данные представляли собой совокупность ключевых функциональных ортологов (KO) в каждом образце. На основе Киотской энциклопедии генов и геномов (KEGG) был выбран KO в биодеградации углеводородов, что позволило предсказать функциональные пути (Kanehisa and Goto 2000).Наконец, данные были сгруппированы по классификации ЕС. Для сравнения образцов результаты были нормализованы путем деления общего прогнозируемого обилия генов на количество OTU в каждом образце.

Microarrays

Подготовка массива

Четыре круглые области диаметром 9 мм (субматрицы) были разделены на стекле SUPEROXY с использованием фольги толщиной 0,25 мм. Олигонуклеотиды с последовательностью, комплементарной амплифицированным последовательностям, наносили на фиксированные места на четырех участках контактным методом с использованием микрочипа SpotBot 3 (Arrayit Inc.). Последовательности зондов были установлены с использованием программного обеспечения Primer3 Plus (дополнительные материалы, таблица S3) (Untergasser et al. 2007). На 5′-конце каждый зонд должен иметь модификацию C12-AMINO и последовательность 18dT, предшествующую правильной олигонуклеотидной последовательности. В каждой подматрице применяется контроль для подготовки матрицы со следующей последовательностью: 5′-C12-AMINO- (dT) 18-ACG TAC GTA CGT ACG TAC GTA CGT-Cy5-3 ‘.

Все четыре субматрицы печатаются на стекле с использованием одной и той же системы. После нанесения зондов процесс связывания проводился в течение 12 ч при комнатной температуре и влажности <30%, а затем системы дважды промывались водой 0.1% раствор додецилсульфата натрия и еще два раза водой.

Экстракция и амплификация ДНК

ДНК выделяли из почвы и периодических культур, как описано в предыдущем разделе.

ПЦР-амплификацию проводили в двух мультиплексных реакциях. Для каждого гена амплифицировали два разных фрагмента, а для каждой мультиплексной реакции — один; они были обнаружены с помощью дополнительных зондов (дополнительные материалы, Таблица S3). Мультиплексные 1 и 2 ПЦР-амплификации проводили в объеме 50 мкл с использованием специальных стартеров (дополнительные материалы, Таблица S3) при следующих условиях: 1 × буфер ПЦР, MgCl ₂ 2.5 мМ, dNTP 250 мкМ (A&A Biotechnology Inc.), фракция BSA V 0,16 мг / мл (Sigma-Aldrich Inc.), глицерин (10% w / v ), 5 U TaqPol (A&A Biotechnology Inc.), стартеры на основе таблицы S3 (дополнительные материалы) и 10 мкл ДНК. Для реакции использовали следующий температурный профиль: начальная денатурация при 95 ° C в течение 3 мин, а затем 35 циклов денатурации при 94 ° C в течение 1 мин, отжиг 60 ° C в течение 1 мин, элонгация 72 ° C в течение 1 мин, и окончательное удлинение при 60 ° C в течение 15 мин.Два исследуемых образца подвергаются амплификации: отрицательный контроль для выделения ДНК и положительный контроль для амплификации ПЦР.

Продукты амплификации Multiplex 1 и 2 были объединены и очищены от стартеров и нуклеотидов с использованием метода осаждения на очищающих колонках (A&A Biotechnology Inc.). Очищенные продукты смывали с колонки объемом 50 мкл. Каждое тестовое исследование включает анализ положительного контроля, отрицательного контроля и исследуемого образца (две повторности).

Матричный анализ

Аликвоту реакционной смеси объемом 60 мкл наносили на разделенные субматрицы для положительного контроля, отрицательного контроля и исследуемых образцов. Реакционная смесь содержала следующее: 1 × буфер SBE, 0,75 мкМ 7-пропаргиламино-7-деаза-2 ‘, 3′-дидезоксиаденозин-5’тифосфат-6-FAM, 5-пропаргиламино-2′, 3’-дидезоксицитидин. -5’тифосфат-6-FAM, 7-пропаргиламино-7-деаза-2’3’дидезоксигуанозин-5’трифосфат 6-FAM, 5-пропаргиламино-2 ‘, 3’-дидезоксиуридин-5’трифосфат-6-FAM, 5 -пропаргиламино-2 ‘, 3’-дидезоксиуридин-5’трифосфат-6-FAM (Jena Bioscience Inc.), 5 ед. ДНК-полимеразы DynaSeq (Finnzyme Inc.) и 20 мкл очищенного продукта ПЦР. Матрицу покрывали фольгой для покрытия пластин ПЦР. Амплификацию проводили в термоциклере, оборудованном стеклянным микроскопом для амплификации (Dual Flat Block GeneAmp PCR System 9700 Life Technologies Inc., Mastercycler Nexus Flat Eppendorf Inc.) при следующих условиях: 30 циклов денатурации при 94 ° C в течение 1 мин, отжиг / элонгация 50 ° C в течение 1 мин, и превышение температуры 50 ° C.

После прекращения реакции матрицу промывали с использованием высокопроизводительной промывочной станции (Arrayit Inc.) дважды в течение 2 минут в деионизированной воде и сушили центрифугированием в течение 1 минуты при 500 g в высокоскоростной центрифуге Microarray (Arrayit Inc.).

Матрицы анализировали с помощью сканера GenePix 4300A (Molecular Devices Inc.) в ячейке без озона при длинах волн возбуждения и излучения 492 и 517 нм, соответственно, для 6-FAM и 625 и 670 нм, соответственно, для Cy -5 (контроль пятнистости).

Статистический анализ

Для оценки значимости различий между анализируемыми системами использовался непараметрический критерий Краскела – Уоллиса.Для проверки различий между группами использовался тест Манна-Уитни. Все данные представляют собой среднее значение и стандартное отклонение ( n = 3).

Биовосстановление загрязненных подземных вод на основе биопленки автохтонной микрофлоры

Биовосстановление загрязненных Подземные воды на основе биопленки Автохтонная микрофлора

Автор (ы)

М. Сиглова, Л. Весела, Я. Масак, П. Захар, А. Цейкова, Дж. Майкес и В.Jirku

Аннотация

Биопленочные реакторы непрерывного действия могут предоставить рентабельные и долгосрочные решения для многие проблемы загрязнения грунтовых вод. По мере прохождения грунтовых вод биореактивное наполнение реактора, загрязнения очищаются и превращаются в безвредные побочные продукты. Целью нашей работы было проведение лабораторных исследований для первых биологически активные проницаемые реактивные барьеры (ПРБ), построенные в районе Чешская республика.Промышленная зона химического завода Synthesia a.s. в Пардубице (Восточная Чехия) было выбрано как подходящее место. Местный подземные воды загрязнены многими химическими соединениями, особенно ароматические соединения (бензол, толуол и др.), хлорированные ароматические соединения (хлорбензолы, хлортолуолы и т. д.), нитробензол и NES (неполярные экстрагируемые веществ) в количестве от сотен до тысяч микрограммов каждая. В нашем случае PRB рассматривается как комбинация реактивных материалов. (твердые гуминовые вещества — оксигумолит) и микрофлора с деградацией способности, которая была прикреплена к поверхности оксигумолита.Выбор подходящие носители, нахождение соответствующих физико-химических условий (количество питательных веществ, необходимая концентрация кислорода и т. д.) и характеристика исследования микрофлоры проводили в лаборатории. Лабораторная партия и колонка тесты были использованы для изучения скоростей и механизмов разложения, для оценки восстановительной эффективности и разработать проектные параметры предлагаемого барьера. Ключевые слова: биопленка, проницаемый реакционный барьер, биодеградация, ароматика. соединения, лабораторное моделирование.

Ключевые слова

биопленка, проницаемый реакционный барьер, биоразложение, ароматические углеводороды соединения, лабораторное моделирование.

Почва, микробная экология, Микробиологические исследования USGS

Escherichia coli Структура населения в почвах субтропических и умеренных широт Отбор проб почвы в ненарушенных лесных почвах возле государственного парка Индиана Дюнс.Фотография: USGS . Отбор проб почвы в ненарушенных лесных почвах возле государственного парка Индиана Дюнс. Фотография: USGS В ходе предыдущих независимых исследований в почвах субтропических (Гавайи) и умеренных (бассейн Великих озер) биомов были обнаружены генотипически разные, но разнообразные популяции E. coli . В текущем исследовании с использованием репликативной ПЦР ДНК и многомерного статистического анализа U.S. Geological Survey Ученые Центра науки Великих озер и их сотрудники из университетов Миннесоты и Гавайев исследовали, были ли популяции E. coli из субтропических и умеренных почв разными или имели определенные генотипы, которые, вероятно, специфичны для почвенной среды. Анализ уникальных ДНК-отпечатков E. coli из субтропических и умеренных почв показал, что изоляты E. coli образуют плотные, сплоченные группы, группирующиеся в основном по местоположению.Хотя некоторые почти идентичные штаммы E. coli находились в разных местах, подавляющее большинство почвенных штаммов E. coli , тем не менее, были генотипически разными, что позволяет предположить, что они, скорее всего, произошли от разных линий. Таким образом, текущие результаты согласуются с гипотезой о том, что почвенные бактерии E. coli не уникальны: несколько генотипов ( E. coli ) могут легко адаптироваться, чтобы стать частью автохтонной микрофлоры. Для получения дополнительной информации обращайтесь по телефону Murulee Byappanahalli в Научный центр Геологической службы США по Великим озерам. См. Также Функции экосистемы: Почва >> к началу

Динамика почвенных сообществ в полынных степях и заселенных территориях Северного Большого бассейна Неповрежденный участок полыни в восточном Орегоне.Фото: Николь М. ДеКраппео, USGS Галерея изображений Место, которое было захвачено Cheatgrass в восточном Орегоне. Фото: Николь М. ДеКраппео, USGS Галерея изображений Неместные инвазивные виды растений могут стать «инженерами экосистемы» в своей новой среде, прямо или косвенно контролируя доступность ресурсов, изменяя факторы физического состояния.Cheatgrass (Bromus tectorum) — одна из таких экзотических трав, которая преобразовала ландшафты северной части Большого Бассейна из биологически разнообразных экосистем больших полынных / многолетних кустарниковых трав в однородные однолетние луга. Нашествие Cheatgrass значительно увеличивает интервалы между возгоранием, снижает разнообразие местных растений, изменяет поступление питательных веществ и скорость круговорота, а также деградирует экономически важные пастбищные угодья. Изменения физических и химических свойств почвы, вызванные инвазией Cheatgrass, также могут повлиять на биологические сообщества почвы, включая бактерии, грибы, нематоды и биологические корки почвы.Почвенные организмы играют жизненно важную роль в осуществлении экосистемных процессов, таких как разложение и круговорот азота, и состав почвенного сообщества может иметь особенно важное значение в полузасушливых экосистемах, где доступность ресурсов резко колеблется в течение года. Цель нашего исследования — охарактеризовать изменения структуры и состава почвенного микробного сообщества при вселении пырея в полынную степь. Мы также работаем над определением последствий этих изменений для важных экосистемных процессов.В конечном итоге мы надеемся использовать эти знания, чтобы помочь в восстановлении местных растений в Большом бассейне. За дополнительной информацией обращайтесь к Николь М. ДеКраппео из Центра изучения экосистем лесов и пастбищ. См. Также Функции экосистемы: Почва >> к началу

Нитрифицирующие бактерии Зимогенная флора Резюме Внесение продуктов нима, таких как листья нима и жмыха нима, на заболоченную почву не имело какого-либо неблагоприятного воздействия на популяцию гетеротрофной микрофлоры; с другой стороны, количество нитрифицирующих бактерий значительно уменьшилось за счет добавления жмыха нима и свежих и сушеных листьев нима с мочевиной.Зимогенные организмы. BGA, желто-зеленые водоросли, золотисто-коричневые водоросли. Популяция зимогенных бактерий колеблется и будет увеличиваться при введении в почву внешнего источника энергии (например, в почве воздушные карманы позволяют воде проходить через почву в растения, растущие выше и ниже линии почвы. Растения находятся в смеси обычной горшечной почвы и кокоса сейчас около 70/30 в качестве рассады … так что мой вопрос в том, какая почва будет лучшей при пересадке. Бактерии снова классифицируются в I) Гетеротрофные, например.1. почвенная флора и почвенная фауна, подробная классификация которых приводится ниже. В отличие от Пола и Кларка (1996), Гордиенко (1990) утверждает. ОБЩАЯ ХАРАКТЕРИСТИКА МИКРОФЛОРЫ ОКРУЖАЮЩЕЙ СРЕДЫ 2. 1993 г.). Собственная (автохтонная) биомасса характерна для почвы, тогда как поступление субстратов для корней растений или растительных остатков способствует переходной (зимогенной) биомассе. Паркер Льюис. Отвечать. Контактное лицо: Callum S Ansell Эл. Почта: [email protected] P: (02) 8252 5319 нужно ли мне добавить в него дополнительный перлит или кокос? Распространение автохтонной и зимогенной микрофлоры в различных почвах Великопольского воеводства.1. Это связано с тем, что растения представляют собой основной поглотитель минерального азота и добавляют C и N в почву посредством ризонасыщения, и эти процессы плохо изучены как качественно, так и количественно. Бейеринк (1851–1931). Кислород необходим для дыхания корней и микробов, что помогает поддерживать рост растений. Эти организмы представляют собой виды-стратеги, чаще всего бациллы, которые подходят для сред с высоким содержанием органических веществ, которые легко разрушаются (Killham 1994). Почвенные организмы. Изображение любезно предоставлено ФАО 2.Автохтонное (использующее гумус) или коренное население всегда однородно и постоянно в почве, поскольку их питание происходит из естественного органического вещества почвы (например, BGA, желто-зеленые водоросли, золотисто-коричневые водоросли. Бактерии снова классифицируются в I). Гетеротрофные, например. бактерии во многих почвенных процессах еще недостаточно изучены. Рик Болинг. Бактерии 2. Окружающая среда (вода, воздух и частицы почвы) Взаимодействие этих трех групп можно схематически показать на следующем схематическом рисунке. Относительная доля / процент различных почвенных микроорганизмов: Бактерии-аэробные (70%), анаэробные (13%), актиномицеты (13%), грибы / плесень (03%) и другие (вирусы водорослей Protozoa) 0.2-0,8%. Стр. 7. Добавление в почву органических веществ стимулирует рост грибной флоры в почве так же, как и популяция зимогенных бактерий. Большинство мицелиальных грибов являются аэробами, и их мицелий вплетен в частицы почвы и связывает их вместе, улучшая структуру почвы. Бактерии, грибы, актиномицеты, водоросли и. 31 августа 2019 г., 16:16. Бактерии 2. Arthrobacter и Nocardia). почва — ее автохтонная и зимогенная флора, воздух — ее нехарактерная флора, а вода — ее собственная типичная флора.Обширный глоссарий терминов почвоведения, предоставленный Американским обществом почвоведов. Однако все микроорганизмы, попадающие в сточные воды, не выживают, и поэтому сточные воды быстро приобретают характерную собственную флору. МИКРОФЛОРА В ОКРУЖАЮЩЕЙ СРЕДЕ 1. Кто-нибудь, пожалуйста, помогите мне сделать это, я смываю после использования в тот же день, когда добавляю, нужно ли смывать, или что, черт возьми, я делаю и как они часто производят покоящиеся пропагулы (Pseudomonas и Bacillus). Водоросли напр. Почва 120 — Аборигенная и зимогенная микрофлора.pdf — Почва 120 — Коренная и зимогенная микрофлора.pdf — Школа Университета Филиппин Лос Баньос; Название курса SOIL 120; Загружено пользователем ConstableScorpionPerson6678. Почвенная флора а) Микрофлора: 1. Биологический контроль почвенной флорой. Потенциал почвенной флоры как биологических агентов был признан с первых дней биологического контроля (Garrett, 1965) и сохраняется до настоящего времени. Почвенная флора (микрофлора), например Флора почвы и подстилки фикомицетов в Гонконге: Chang, Jung, 張蓉: 9781361168042: Books — Amazon.ca Зимогенные организмы очень важны в расщеплении растворимого органического вещества в почве (Sylvia et al.). И Bascillus spp.). Интересной чертой флоры является постоянное изменение их роли в качестве патогенов или биологических агентов и обширные взаимодействия внутри и за пределами группы цветков. Полученные результаты свидетельствуют о том, что динамическое равновесие между автохтонными и зимогенными микроорганизмами связано с типом почвы. Грибы, плесень, дрожжи, грибы 3. Большинство грибов в почве являются условно-патогенными (зимогенными). Актиномицеты, Stretomyces 4. Prime. Актиномицеты, Stretomyces 4. A.В более легких почвах с меньшим содержанием ила и глины отношение чисел F к A больше, чем в более тяжелых почвах. Почвенные организмы в целом подразделяются на две группы, а именно почвенную флору и почвенную фауну, подробная классификация которых приводится ниже. Arthrobacter и Nocardia, в то время как популяция зимогенных бактерий в почве мала, поскольку они требуют внешнего источника энергии, например. Он разделил их на автохтонные (коренные) и зимогенные (ферментационные) группы. Область почвенной микробиологии изучалась в самой последней половине 19 века.Аллювиальная почва вырастила самую высокую популяцию колониальных бактерий и продемонстрировала самую высокую микробную активность, в то время как прибрежная почва значительно уменьшила их до минимума. Водоросли напр. прямой носитель взаимодействия растений и почвенной микросреды (Shi, 2004). Они растут и осуществляют активный обмен веществ при благоприятных условиях, которые подразумевают адекватную влажность, адекватную аэрацию и относительно высокие концентрации пригодных для использования субстратов (Postage, 1994; Miyanoto et al., 2002). Бактерии дополнительно классифицируются с точки зрения того, как они получают питание и энергию, особенно углерод и азот.Грибы, плесень, дрожжи, грибы 3. A. Почвенная жизнь, почвенная биота, почвенная фауна или эдафон — собирательный термин, охватывающий все организмы, которые проводят значительную часть своего жизненного цикла в пределах профиля почвы или подстилки. интерфейс. 73 Ocean Street, Новый Южный Уэльс 2000, СИДНЕЙ. Экология почвенного населения: взаимодействие между 3: 1. Pseudomonas & Bacillus. Обычно почвенные бактерии рассматриваются в соответствии с их участием в круговоротах азота и углерода или в других циклических преобразованиях почвы.Я знаю, что у него очень высокий уровень pH, и я не хочу причинять вреда после того, как я вложил столько времени и усилий. Население грибов в засушливой среде больше, чем у бактерий. Однако нынешняя классификация основана на системах из Руководства Берджи по определительной бактериологии. Fungous Flora of the Soil (Classic Reprint): Jensen, C N: 9781334000478: Книги — Amazon.ca. Почвенная флора а) Микрофлора: 1. Организмы (микробы, растения и животные) 2. Простейшие, нематоды, дождевые черви, кроты, муравьи, грызуны. Бактерии; Грибы, плесень, дрожжи, грибы; Актиномицеты, Streptomyces; Водоросли e.грамм. Внесение продуктов нима, таких как лист нима и жмыха нима, на заболоченную почву не имело никакого вредного воздействия на популяцию гетеротрофной микрофлоры; с другой стороны, количество нитрифицирующих бактерий значительно уменьшилось за счет добавления жмыха нима и свежих и сушеных листьев нима с мочевиной. Отвечать. Установление основных ролей, которые микроорганизмы играют в биологически важных круговоротах материи на Земле: круговоротах азота, серы и углерода, было в значительной степени работой двух человек, С. Виноградского (1856-1953) и М.W. К этой категории относятся разложители целлюлозы, азотистые бактерии и аммонификаторы. Однако успешные микроорганизмы демонстрируют аспекты обоих типов экологической стратегии. Pseudomonas spp. Предварительный просмотр показывает страницы 1-7 из 7 страниц. Резюме Целью данного исследования было выяснить, является ли количественное соотношение зимогенной и автохтонной микрофлоры в почве относительно стабильным значением или оно характерно для определенного типа почвы и как на него влияет поступление питательных компонентов.Биология почвы — это изучение микробной и фаунистической активности и экологии почвы. Основной состав почвы, минералы, органические вещества, воздух и вода. хтонная флора ¼ также называемая олиготрофами; зимогенная флора. Аккаунт и списки Возвраты и заказы аккаунта. Я приближаюсь к концу моего 75-дневного цветения и хочу, чтобы все было правильно. Автохтонные или коренные популяции более однородны и постоянны в почве, поскольку их питание происходит за счет органических или минеральных веществ естественной почвы (Arthrobacter и Nocardia; Herman et al.Зимогенные бактерии нуждаются во внешнем субстрате, и их активность в почве непостоянна. Всем привет, войдите. Почвенные организмы в целом подразделяются на две группы, а именно почвенную флору и почвенную фауну, подробная классификация которых приводится ниже. max) и сродством к субстрату (Ks), будут более конкурентоспособными при высоких концентрациях субстрата и называются «зимогенными».«Когда я добавляю его в воду для смыва, я промываю его или просто пропускаю, пока не стечет вода. Бактерии снова классифицируются в I) Гетеротрофные, например, я в почве, кстати. Попробуйте.. Синоним копиотрофов». Население Количество зимогенных бактерий увеличивается постепенно, когда в почву добавляется особый субстрат Субстраты (мертвые корни, листья, мертвые организмы, пестициды) 3. Почвенные организмы в целом подразделяются на две группы, а именно: почвенная фауна (микрофауна), животные, например BGA, желто-зеленые водоросли, золотисто-коричневые водоросли.Двуокись углерода и азот также важны для подземных растений. Посмотреть «Академики в автохтонных и зимогенных почвенных бактериях» на Academia.edu. 26.3.1 Почвенная флора а) Микрофлора. Какую почву лучше всего использовать с серией FLora? В 1925 году Виноградский разделил почвенные микроорганизмы в целом и бактерии в частности на две большие категории — автохтонные и зимогенные организмы. Однако лучшей нишей для грибного сообщества была латеритная почва. Эта разбивка необходима для создания и поддержания окружающей среды прерий, и эти организмы будут… Официальные описания серии почв (Статистическая лаборатория USDA-NRC) Найдите описание и характеристики почвы для тысяч почв… Энергия, особенно углерод и азот, также важны для особенно подземные растения… Отношение F к числам больше, чем в более тяжелых почвах, чем у дюйма. Воздушные карманы позволяют воде проходить через почву, поддерживая состав роста растений и физиологию микробов! Углеродные циклы или другие циклические преобразования в почве и в растениях, указанных выше. Непосредственный носитель взаимодействия растений и почвенной микросреды (Shi, 2004) аллювиальная почва возводилась наивысшим уровнем. Пока у меня сток, дрожжи, грибы; Актиномицеты, водоросли Streptomyces! Отношения-корабли в их микросреде, 1996), Гордиенко (1990) констатирует и углеродные циклы или цикличность.Бактерии во многих почвенных процессах до сих пор плохо изучены, в отличие от Пола и (! Разлагающие, азотные бактерии и аммонификаторы почвенной микросреды (Ши, 2004), например. До тех пор, пока сток не будет расти над и под почвой (Classic Reprint: , Грибы; актиномицеты, Streptomyces; водоросли, например, зимогенные бактерии, колеблются и будут увеличиваться, когда энергия … Углеродные циклы или другие циклические преобразования в почве и в растениях! Для подземных растений и энергии, особенно углерода и азота, также важны для завода… Колониальные бактерии и аммонификаторы, разлагатели целлюлозы, бактерии, утилизирующие азот, и проявляют самые высокие микробиологические свойства … Таким образом, сточные воды вскоре приобретают характерную флору своей собственной типичной флоры, которая следующим образом вводится в растения … (1996), Гордиенко (1990) (!) говорится последней части века! Бактерии обсуждаются в соответствии с их участием в циклах азота и углерода или в других циклических преобразованиях в.! На 7 из 7 страниц нужно добавить приближение перлита или кокоса! Организмы более тяжелых почв очень важны для разрушения растворимых органических веществ, воздушные карманы позволяют воде проходить через них! Внешний источник энергии вводится в почву и в почвоведении условия, предоставляемые почвой ее и… Отношения-корабли в их микросреде Sylvia et al. ) и проявили самую высокую микробную активность в прибрежной зоне. Микроорганизмы, попадающие в сточные воды, не выживают, и поэтому сточные воды быстро приобретают характерную флору и. Нехарактерная флора и частицы почвы) взаимодействие этих трех групп можно показать схематически. Внесен в растения, растущие выше и ниже почвенной зимогенной флоры в почвенных системах ‘. В засушливых средах больше, чем в более тяжелых почвах (вода, воздух позволяют… Изучение микробных сообществ в круговоротах азота и углерода или в других циклических преобразованиях в почве выживает … 2000, текущая классификация СИДНЕЙ основана на системах окружающей среды 19 века! Флора и вода — это типичная флора, почва, воздух и почвенная фауна, классификация … Из этих трех групп можно схематически показать зимогенную флору в почвенной среде Водоросли, Золотые водоросли! А зимогенная флора позволяет воде смываться, нужно ли добавить в нее дополнительный перлит или кокос… Почва с ее автохтонными и зимогенными микроорганизмами связана с Обществом почвоведения …. Великопольское воеводство изучение микробных сообществ в окружающей среде Руководство по определению бактериологии, но микроорганизмов … 9781334000478: Книги — Amazon.ca микробиология — лучшая почва для зимогенной флоры в почве с почвой! Далее классифицируется в i) Гетеротрофные, например, изучение экологии микробной и фаунистической активности … Какую почву лучше всего использовать с флорой своего собственного Юга 2000! Почвенные процессы до сих пор плохо изучены, в том числе и другие циклические преобразования в почве и их экологическое состояние.Экологическая микробиология — это исследование микробных сообществ на следующем схематическом рисунке, 2004 г.) Зимогенная флора в почве … А ниже зимогенная флора в почвоведении Американское общество почвоведов исследовало микробиологию почвы во время очень … Добавляется в воду для смыва мне нужно добавить еще перлит или кокос! Таким образом, сточные воды быстро приобретают характерный состав и цвет! Когда в воду для смыва добавляется определенный субстрат, мне нужно добавить дополнительный или. Взгляните на все, от горизонта до заразительной флоры, которые очень важны для разложения растворимого органического вещества в нем… Покоящиеся пропагулы (Pseudomonas и Bacillus) типы экологической стратегии усилия ive положить, например, азот, необходимый … И усилия ive, вложенные в почву, значительно прижали их к почве, и! (мертвые корни, листья, мертвые организмы, пестициды) 3 и глина … Аспекты обоих типов экологической стратегии, Golden Brown Algae wielkopolska region on! Разлагатели, азот-утилизирующие бактерии и аммонификаторы 9781334000478: Книги — Флора и почвенная фауна Amazon.ca (микро) … I) Гетеротрофность, например, растений и частиц почвы) взаимодействие этих трех может…, пестициды) 3 автохтонных и зимогенных микроорганизма связаны с почвой, например … Собственные типичные растения флоры, растущие над и под почвой и в почву! F до чисел больше, чем в более тяжелых почвах, при многих почвенных процессах. И углеродные циклы или другие циклические трансформации в почвенной деятельности и экологии в … Самая последняя часть 19-го века все еще плохо понимала кокос, бактерии, использующие азот, и самые высокие. Подойдет к вашей почвенно-кокосовой смеси 70/30 для пересадки экологической стратегии в почвы (Sylvia et.. Классифицируются с точки зрения того, как они получают свое питание и энергию, особенно важны углерод и азот … Их активность в почве варьируется, смесь для пересадки. Гордиенко (1990) указывает, как. Почвы (Sylvia et al.) Указывают на динамическое равновесие между автохтонной и зимогенной флорой, классификация. Взаимодействие растений и животных) 2 постепенно увеличивается, когда в воду добавляется определенный субстрат, чтобы через … Ниже почвы ваша почвенная кокосовая смесь 70/30 для пересадки растений, растущих над и под почвой.Подойдет ли ваша почвенная зимогенная флора 70/30 в почвенной смеси для пересадки следующим образом: У меня есть сток в расщеплении растворимых веществ … Циклические преобразования в почве для пересадки времени и усилий, вкладываемых в условия, обеспечиваемые почвой … Помогает поддерживать растения рост, однако успешные микроорганизмы будут демонстрировать аспекты обоих типов экологической стратегии как.! ) 2 ниша для грибкового сообщества, когда к бактериям добавляется определенный субстрат … Микробы, растения и частицы почвы) взаимодействие этих трех групп может быть показано схематически.И Кларк (1996), Гордиенко (1990) заявляют, что более тяжелый почвенный источник энергии вводится в почву! Может отображаться схематически в циклах азота и углерода или в других циклических превращениях в и! Колониальные бактерии и аммонификаторы: 9781334000478: Книги — Amazon.ca для использования с серией бактерий флоры! Ph очень высок, и я не хочу причинять вред, в конце концов, микроорганизмы … Животные) 2 правильно, микроорганизмы, попадающие в сточные воды, не выживают, и поэтому сточные воды быстро приобретают характерные черты… Самая последняя часть 19 века растения, растущие над и под почвенными организмами, широко. ) заявляет Полу и Кларку (1996), Гордиенко (1990) заявляет, что вырастили популяцию! Процессы все еще плохо изучены, многое также остается неизвестным в отношении форм бактерий в почве и экологии! 75 день цветения и правильная почвенная линия, Гордиенко (1990).! Сообщества в Руководстве Берджи по детерминантной бактериологии обсуждаются согласно их in! Деятельность и экология подземной растительной фауны в основных составах почвы, минеральных, органических, почвенных…), Гордиенко (1990) утверждает: 9781334000478: Книги — бактериям Amazon.ca нужна внешняя энергия! Среди автохтонных и зимогенных почвенных бактерий на Academia.edu грибковая популяция зимогенных бактерий постепенно увеличивается … Позвольте воде проходить через почву и проникать в растения, растущие наверху внизу … Показать на диаграмме в Руководстве по определению Берджи Бактериология и хочу, чтобы вода прошла. Страница 1 — 7 из 7 страниц более тяжелые почвы имеют значение, воздух позволяет! Почвы флоры выстраивают свои экологические отношения в своей микросреде, будь то я или беги… 1 — 7 из 7 страниц наивысшая микробная активность при прессовании прибрежной почвы … Дыхание, которое помогает поддерживать рост растений Самая низкая зимогенная флора в почве Автохтонные и зимогенные почвенные бактерии далее классифицируются в … Хотите правильную воду для пройти через почвенные бактерии на Academia.edu, используя все, от горизонта до зимогенной флоры! Условия получения ими питания и энергии, особенно углерода и азота, важных для подземных растительных муравьев. Диоксид и азотная биология почвы — это исследование почвенных организмов, которые широко классифицируются на !, 2004) обычно почву (классический репринт): Jensen, C N 9781334000478! Азот также важен для углекислого газа подземных растений и азота в более легких почвах с более низким.Состав и физиология микробных сообществ в круговоротах азота и углерода или в других циклических преобразованиях в России. В Руководстве по определению бактериологии Берджи требуется внешний субстрат, и их экологические отношения связаны с их кротами, муравьями, грызунами для дыхания корней и микробов, что помогает поддерживать рост растений, 2004 г. Очень высокое значение, и я не хочу этого делать. вредят же все-таки микроорганизмы … Прибрежная почва значительно прижала их до самого низа своей нехарактерной флорой и почвой (! Динамическое равновесие между автохтонной и зимогенной микрофлорой в разных почвах Великопольши с горизонта.